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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ekr | ||||||
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タイトル | MOAC PROTEIN FROM E. COLI | ||||||
要素 | MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C | ||||||
キーワード | TRANSLATION / MoaC / Molybdenum cofactor (Moco) / Moco biosynthesis / Moco deficiency | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Schindelin, H. / Liu, M.T.W. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Insights into molybdenum cofactor deficiency provided by the crystal structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC. 著者: Wuebbens, M.M. / Liu, M.T. / Rajagopalan, K. / Schindelin, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ekr.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ekr.ent.gz | 28.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ekr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer with 32 symmetry generated from chain A by crystallographic symmetry operations |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17477.277 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET 15B / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A738 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 400, CALCIUM CHLORIDE, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 22K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 57577 / Num. obs: 11190 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 29.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Num. unique all: 1083 / % possible all: 95.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 5.2 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Lamzin 詳細: Partial structure factors for bulk solvent were calculated in XPLOR and incorporated into REFMAC
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.252 / Rfactor Rwork: 0.219 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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