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万見
- PDB-1ei9: CRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ei9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
要素PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / palmitoyl-CoA hydrolase / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / lysosomal lumen acidification ...protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / palmitoyl-CoA hydrolase / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of cell growth / brain development / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / endocytosis / synaptic vesicle / nervous system development / protein transport / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / membrane raft / axon / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Palmitoyl protein thioesterase / Palmitoyl protein thioesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Palmitoyl-protein thioesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of palmitoyl protein thioesterase 1 and the molecular basis of infantile neuronal ceroid lipofuscinosis.
著者: Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Producing Selenomethionine-labeled Proteins with a Baculovirus Expression Vector System
著者: Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C.W. / Clardy, J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Mutations in the Palmitoyl Protein Thioesterase Gene Causing Infantile Neuronal Ceroid Lipofuscinosis
著者: Vesa, J. / Hellsten, E. / Verkruyse, L.A. / Camp, L.A. / Rapola, J. / Santavuori, P. / Hofmann, S.L. / Peltonen, L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Purification and Properties of a Palmitoyl-Protein Thioesterase That Cleaves Palmitate from H-Ras
著者: Camp, L.A. / Hofmann, S.L.
履歴
登録2000年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3144
ポリマ－31,4471
非ポリマー8673
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.350, 69.350, 128.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1


分子量: 31447.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell (発現宿主): SF21 CELLS / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P45478, palmitoyl[protein] hydrolase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 55% Polypropylene Glycol 400, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlPPT11drop
220 mMHEPES1drop
3150 mM1dropNaCl
455 %PEG4001reservoir
5100 mMBis-Tris1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)波長
シンクロトロンCHESS F210.9791,0.9789,0.9364
シンクロトロンCHESS A120.91
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1998年12月6日
ADSC2CCD1997年7月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97891
30.93641
40.911
反射解像度: 2.25→20.33 Å / Num. all: 15553 / Num. obs: 14962 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / % possible all: 92.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20.9 Å / Num. obs: 14788 / % possible obs: 94.8 % / Num. measured all: 109210 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 % / Rmerge(I) obs: 0.164

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high rms absF: 1081559.83 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: anisotropic B correction and bulk solvent correction applied. Maximum likelihood target function used. The structure was determined by MAD phasing at 3.0 Angstroms on SeMet protein expressed ...詳細: anisotropic B correction and bulk solvent correction applied. Maximum likelihood target function used. The structure was determined by MAD phasing at 3.0 Angstroms on SeMet protein expressed in baculovirus/insect cells. The model was refined against a 2.25 Angstrom native data set.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 714 4.9 %random
Rwork0.241 ---
all0.253 15503 --
obs0.249 14487 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 75.8949 Å2 / ksol: 0.453878 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.68 Å20 Å20 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3---3.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 56 53 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.343
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.132.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 117 5.1 %
Rwork0.284 2195 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.36 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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