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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ei9 | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 | |||||||||
![]() | PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / glycoprotein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process ...protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process / receptor-mediated endocytosis / brain development / negative regulation of cell growth / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / protein transport / synaptic vesicle / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / membrane raft / axon / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / extracellular region / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of palmitoyl protein thioesterase 1 and the molecular basis of infantile neuronal ceroid lipofuscinosis. 著者: Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J. #1: ![]() タイトル: Producing Selenomethionine-labeled Proteins with a Baculovirus Expression Vector System 著者: Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C.W. / Clardy, J. #2: ![]() タイトル: Mutations in the Palmitoyl Protein Thioesterase Gene Causing Infantile Neuronal Ceroid Lipofuscinosis 著者: Vesa, J. / Hellsten, E. / Verkruyse, L.A. / Camp, L.A. / Rapola, J. / Santavuori, P. / Hofmann, S.L. / Peltonen, L. #3: ![]() タイトル: Purification and Properties of a Palmitoyl-Protein Thioesterase That Cleaves Palmitate from H-Ras 著者: Camp, L.A. / Hofmann, S.L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 835 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 842.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31447.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 55% Polypropylene Glycol 400, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.25→20.33 Å / Num. all: 15553 / Num. obs: 14962 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / % possible all: 92.4 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20.9 Å / Num. obs: 14788 / % possible obs: 94.8 % / Num. measured all: 109210 / Rmerge(I) obs: 0.055 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.4 % / Rmerge(I) obs: 0.164 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: anisotropic B correction and bulk solvent correction applied. Maximum likelihood target function used. The structure was determined by MAD phasing at 3.0 Angstroms on SeMet protein expressed ...詳細: anisotropic B correction and bulk solvent correction applied. Maximum likelihood target function used. The structure was determined by MAD phasing at 3.0 Angstroms on SeMet protein expressed in baculovirus/insect cells. The model was refined against a 2.25 Angstrom native data set.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 75.8949 Å2 / ksol: 0.453878 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 41.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.36 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.284 |