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- PDB-1eg9: NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE WITH INDOLE BOUND IN THE ACTIVE SITE. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eg9
タイトルNAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE WITH INDOLE BOUND IN THE ACTIVE SITE.
要素(PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME IRON DIOXYGENASE / ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


naphthalene 1,2-dioxygenase / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / INDOLE / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, large oxygenase component / Naphthalene 1,2-dioxygenase system, small oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Carredano, E. / Karlsson, A. / Kauppi, B. / Choudhury, D. / Parales, R.E. / Parales, J.V. / Lee, K. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Substrate binding site of naphthalene 1,2-dioxygenase: functional implications of indole binding.
著者: Carredano, E. / Karlsson, A. / Kauppi, B. / Choudhury, D. / Parales, R.E. / Parales, J.V. / Lee, K. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2000年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2708
ポリマ－72,6332
非ポリマー6376
水11,025612
1
A: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,81124
ポリマ－217,9006
非ポリマー1,91118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area32900 Å2
ΔGint-286 kcal/mol
Surface area60930 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)
B: PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,62348
ポリマ－435,80112
非ポリマー3,82236
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.169, 140.169, 209.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-878-

HOH

21B-889-

HOH

詳細THE ACTIVE ENZYME IS A ALPHA3BETA3 HEXAMER GENERATED BY THE THREEFOLD.

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要素

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PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE ALPHA SUBUNIT)


分子量: 49664.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: PDTG14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A110, naphthalene 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質 PROTEIN (NAPHTHALENE 1,2-DIOXYGENASE BETA SUBUNIT)


分子量: 22969.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / プラスミド: PDTG14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A112, naphthalene 1,2-dioxygenase

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非ポリマー , 5種, 618分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル


分子量: 117.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7N
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化pH: 6
詳細: AMMONIUM SULPHATE 2M, MES 0.1M, DIOXANE 2-3%, pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
22 Mammonium sulfate1reservoir
32-3 %dioxane1reservoir
450 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 896312 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.6→20 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. obs: 102843 / Num. measured all: 896312
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.63 Å / % possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 3.31

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.6→20 Å
Rfactor反射数
Rfree0.22 1516
Rwork0.19 -
obs0.193 102843
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 29 612 5729
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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