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- PDB-1eav: Crystal Structures of Human Gephyrin and Plant Cnx1 G domains - C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eav
タイトルCrystal Structures of Human Gephyrin and Plant Cnx1 G domains - Comparative Analysis and Functional Implications
要素MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
キーワードMOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS / CNX1G
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdopterin adenylyltransferase / molybdopterin adenylyltransferase activity / molybdopterin molybdotransferase / molybdopterin molybdotransferase activity / nitrate reductase activity / auxin-activated signaling pathway / molybdenum ion binding / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / response to metal ion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site ...Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 2. / Molybdenum cofactor biosynthesis proteins signature 1. / MoeA, N-terminal and linker domain / MoeA, C-terminal, domain IV / MoeA, N-terminal and linker domain superfamily / MoeA, C-terminal, domain IV superfamily / Molybdopterin biosynthesis protein MoeA-like / MoeA N-terminal region (domain I and II) / MoeA C-terminal region (domain IV) / Molybdenum cofactor biosynthesis, conserved site / MoaB/Mog-like domain / Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin biosynthesis protein CNX1
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schwarz, G. / Schrader, N. / Mendel, R.R. / Hecht, H.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structures of Human Gephyrin and Plant Cnx1 G Domains: Comparative Analysis and Functional Implications
著者: Schwarz, G. / Schrader, N. / Mendel, R.R. / Hecht, H.J. / Schindelin, H.
履歴
登録2001年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
B: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
C: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
D: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
E: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
F: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
G: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
H: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,2748
ポリマ－139,2748
非ポリマー00
水91951
1
A: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
B: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
C: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2283
ポリマ－52,2283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
E: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN
F: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2283
ポリマ－52,2283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
G: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN

G: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN

G: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2283
ポリマ－52,2283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
手法PQS
4
H: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN

H: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN

H: MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2283
ポリマ－52,2283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)175.303, 175.303, 175.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999, -0.00106, -0.00433), (-0.00105, 0.999997, -0.002159), (0.004332, -0.002154, -0.999988)350.59839, -2.0577, 3.217
2given(0.003418, -0.999988, -0.003362), (0.002298, 0.00337, -0.999992), (0.999991, 0.00341, 0.00231)172.1124, 262.5217, 90.3371
3given(0.001448, -0.001895, 0.999997), (0.99998, 0.006197, -0.001436), (-0.006195, 0.999979, 0.001904)85.2368, 84.9261, -175.2251
4given(7.6E-5, -0.999999, -0.00092), (0.999998, 7.4E-5, 0.001969), (-0.001969, -0.00092, 0.999998)43.8829, 304.35809, -43.973
5given(-0.003358, 0.002114, 0.999992), (-0.000168, 0.999998, -0.002114), (-0.999994, -0.000175, -0.003357)219.77029, -44.1696, -216.2935
6given(-0.999992, -0.004053, -0.000234), (0.000221, 0.003408, -0.999994), (0.004054, -0.999986, -0.003407)391.80331, 131.763, 131.4751
7given(0.999988, 0.0045, 0.001844), (0.001836, 0.001705, -0.999997), (-0.004503, 0.999988, 0.001697)41.1407, 128.2473, 133.4035

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要素

#1: タンパク質
MOLYBDOPTERIN BIOSYNTHESIS CNX1 PROTEIN / CNX1G / MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS ENZYME


分子量: 17409.195 Da / 分子数: 8 / 断片: CNX1 G-DOMAIN RESIDUES 462-623 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
株: CV. COLUMBIA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q39054
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MOLECULE CNX1G IS INVOLVED IN MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS
Has protein modificationY
配列の詳細DOMAIN DEFINITION MODIFIED FROM SWALL:CNX1_ARATH_2 N-TERMIANL EXTENSION VPGP, C-TERMINAL EXTENSION KQI

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.84 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.4 M SODIUM ACETATE 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9790, 0.97940, 0.9500, 1.0448
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: PLANAR MIRROR AND TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97941
30.951
41.04481
反射解像度: 2.6→27 Å / Num. obs: 47553 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.36精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.72 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2582 5.2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs-47553 90.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9450 0 0 51 9501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0229586
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4991.99613010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1.112321664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.32361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.39786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.5503
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.314
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.56
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2721.56370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.403210330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.65533216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4034.52680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.388 140
Rwork0.33 2834

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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