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万見
- PDB-1ea9: Cyclomaltodextrinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ea9
タイトルCyclomaltodextrinase
要素CYCLOMALTODEXTRINASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulan catabolic process / amylopectin catabolic process / cyclomaltodextrinase / cyclomaltodextrinase activity / neopullulanase / starch catabolic process / D-glucose binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal Ig-like domain / Alpha amylase, N-terminal ig-like domain / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclomaltodextrinase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cho, H.-S. / Kim, M.-S. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Cyclomaltodextrinase, Neopullulanase, and Maltogenic Amylase are Nearly Indistinguishable from Each Other
著者: Lee, H.-S. / Kim, M.-S. / Cho, H.-S. / Kim, J.-I. / Kim, T.-J. / Choi, J.-H. / Park, C. / Lee, H.-S. / Oh, B.-H. / Park, K.-H.
履歴
登録2001年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CYCLOMALTODEXTRINASE
D: CYCLOMALTODEXTRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5092
ポリマ－135,5092
非ポリマー00
水00
1
C: CYCLOMALTODEXTRINASE

C: CYCLOMALTODEXTRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5092
ポリマ－135,5092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
手法PQS
2
D: CYCLOMALTODEXTRINASE

D: CYCLOMALTODEXTRINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,5092
ポリマ－135,5092
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)334.608, 334.608, 334.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

#1: タンパク質 CYCLOMALTODEXTRINASE


分子量: 67754.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS SP. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q59226, cyclomaltodextrinase

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.64 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1droppH7.5
31 mMbeta-mercaptoethanol1drop
450 %PEG2001reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 42505 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 12.29
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 51030 / Num. measured all: 671314
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.8 % / Rmerge(I) obs: 0.178

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.214 --
obs0.214 42505 83.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9582 0 0 0 9582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0056
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.226
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.256
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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