[日本語] English
万見
- PDB-1e9w: Structure of the macrocycle thiostrepton solved using the anomalo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e9w
タイトルStructure of the macrocycle thiostrepton solved using the anomalous dispersive contribution from sulfur
要素THIOSTREPTON
キーワードANTIBIOTIC / THIOPEPTIDE / ANTIBACTERIAL / THIAZOLE / THIAZOLINE / OXAZOLE / RIBOSOME / TRANSLATION INHIBITION
機能・相同性Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / THIOSTREPTON / Thiostrepton
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES AZUREUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Bond, C.S. / Shaw, M.P. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of the Macrocycle Thiostrepton Solved Using the Anomalous Dispersive Contribution from Sulfur
著者: Bond, C.S. / Shaw, M.P. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.
履歴
登録2000年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: THIOSTREPTON


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8061
ポリマ－1,8061
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.577, 26.577, 27.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

HOH

21A-2002-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド THIOSTREPTON / ALANINAMIDE / BRYAMYCIN / THIACTIN


タイプ: Thiopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1805.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CALBIOCHEM / 由来: (天然) STREPTOMYCES AZUREUS (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C8P8, THIOSTREPTON
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC ...THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC CORE, CONSISTING OF A NITROGEN CONTAINING, SIX-MEMBERED RING CENTRAL TO DEHYDROAMINO ACIDS AND A SUBSET OF FIVE MEMBER RING STRUCTURES INCLUDING THIAZOLES, THIAZOLINES AND OXAZOLES. HERE, THIOSTREPTON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES) GROUP: 1 NAME: THIOSTREPTON CHAIN: A COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 0 TO 18 DESCRIPTION: THIOSTREPTON IS A HETROCYCLIC THIOPEPTIDE, CONSISTING OF FOUR THIAZOLES ONE THIOZOLINE ONE PIPERIDEINE RINGS. A MODIFIED QUINOLINE LINKED TO MAIN-CHAIN RESIDUE 1 AND SIDE-CHAIN OF RESIDUE 12. THE OBSERVED C-TERMINAL AMINO GROUP NH2(18) IS LIKELY TO BE A POST-TRANSLATIONAL DECARBOXYLATED REMNANT OF A SER C-TERMINAL RESIDUE

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.8 %
結晶化pH: 7
詳細: 1ML 15.38MG/ML THIOSTREPTON IN CHLOROFORM_ISOAMYL ALCOHOL + 100 MICROL GLYCEROL + 200 MICROL ETHANOL. BATCH METHOD, pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1protein11100mg
2chloroform/isoamyl alcohol116.5ml
3glycerol110.100ml
4ethanol110.200ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.73
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.73 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→50 Å / Num. obs: 5232 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.02→1.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 22556
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.6 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEE REFERENCE

解像度: 1.02→50 Å / Num. parameters: 1057 / Num. restraintsaints: 1023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: RESIDUE 16 RESTRAINED USING GEOMETRY DERIVED FROM CSD (SEE REFERENCE)
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1423 825 9.8 %RANDOM
all0.1122 8391 --
obs0.1124 -96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 115.33
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.02→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数114 0 0 4 118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0001
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1173 / Rfactor Rwork: 0.1124
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る