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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e5f | ||||||
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タイトル | METHIONINE GAMMA-LYASE (MGL) FROM TRICHOMONAS VAGINALIS | ||||||
要素 | METHIONINE GAMMA-LYASE | ||||||
キーワード | LYASE / METHIONINE BIOSYNTHESIS / PLP-DEPENDENT ENZYMES / C-S GAMMA LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The Structure and Proposed Catalytic Mechanism of Methionine Gamma-Lyase 著者: Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e5f.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e5f.ent.gz | 139 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/1e5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/1e5f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.68456, -0.00368, -0.72894), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44149.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし) 株: G3 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MGL1 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O15564, methionine gamma-lyase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A,B: SOME CHANGES TO SEQUENCE INTRODUCED | 配列の詳細 | SOME CHANGES TO SEQUENCE INTRODUCED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 3.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M LISO4, 0.1M CITRATE PH5.6, pH 5.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→28.9 Å / Num. obs: 49696 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CL1 解像度: 2.18→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22187 / ESU R Free: 0.1852
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→25 Å
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拘束条件 |
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