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- PDB-1e5f: METHIONINE GAMMA-LYASE (MGL) FROM TRICHOMONAS VAGINALIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5f
タイトルMETHIONINE GAMMA-LYASE (MGL) FROM TRICHOMONAS VAGINALIS
要素METHIONINE GAMMA-LYASE
キーワードLYASE / METHIONINE BIOSYNTHESIS / PLP-DEPENDENT ENZYMES / C-S GAMMA LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure and Proposed Catalytic Mechanism of Methionine Gamma-Lyase
著者: Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2000年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONINE GAMMA-LYASE
B: METHIONINE GAMMA-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,46211
ポリマ－88,2992
非ポリマー1,1639
水11,620645
1
A: METHIONINE GAMMA-LYASE
B: METHIONINE GAMMA-LYASE
ヘテロ分子

A: METHIONINE GAMMA-LYASE
B: METHIONINE GAMMA-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,92422
ポリマ－176,5994
非ポリマー2,32618
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+1/31
Buried area22960 Å2
ΔGint-266.1 kcal/mol
Surface area45170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.258, 88.258, 217.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.68456, -0.00368, -0.72894), (0.00077, -0.99999, 0.00432), (-0.72895, 0.00239, 0.68456)
ベクター: 100.83318, 89.38553, 43.5929)

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要素

#1: タンパク質 METHIONINE GAMMA-LYASE / MGL


分子量: 44149.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRICHOMONAS VAGINALIS (ちつほねまくむし)
株: G3 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MGL1 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O15564, methionine gamma-lyase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A,B: SOME CHANGES TO SEQUENCE INTRODUCED IN EXPRESSION CONSTRUCT. RESIDUES 397 TO 404 ADDED AS HIS TAG.
配列の詳細SOME CHANGES TO SEQUENCE INTRODUCED IN EXPRESSION CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 3.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M LISO4, 0.1M CITRATE PH5.6, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→28.9 Å / Num. obs: 49696 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CL1

1cl1


解像度: 2.18→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22187 / ESU R Free: 0.1852
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.212 2368 5 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs-44982 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5909 0 66 645 6620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6632
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.3033
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2312
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.1323
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02480.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1410.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1540.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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