+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e5e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | METHIONINE GAMMA-LYASE (MGL) FROM TRICHOMONAS VAGINALIS IN COMPLEX WITH PROPARGYLGLYCINE | ||||||
![]() | METHIONINE GAMMA-LYASE | ||||||
![]() | LYASE / METHIONINE BIOSYNTHESIS / PLP-DEPENDENT ENZYMES / C-S GAMMA LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon-sulfur lyase activity / methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure and Proposed Catalytic Mechanism of Methionine Gamma-Lyase 著者: Goodall, G. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. / Lapthorn, A.J. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: The Primitive Protozoon Trichomonas Vaginalis Contains Two Methionine Gamma-Lyase Genes that Encode Members of the Gamma Family of Pyridoxal 5'-Phosphate Enzymes 著者: Mckie, A.E. / Edlind, T. / Walker, J. / Mottram, J.C. / Coombs, G.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 143.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.67872, -0.00427, -0.73439), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44149.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT LINK BETWEEN PROPARGYLGLYCINE AND TYR 111 由来: (組換発現) ![]() 株: G3 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: MGL1 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O15564, UniProt: A2FEV4*PLUS, methionine gamma-lyase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A,B: SOME CHANGES TO SEQUENCE INTRODUCED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5.6 詳細: 3.2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M LISO4, 0.1M CITRATE PH5.6, pH 5.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→28.9 Å / Num. obs: 48724 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.05 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 77.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CL1 解像度: 2.18→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.168
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|