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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+47 | |||||||||
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タイトル | L-Fuculose 1-Phosphate Aldolase from Escherichia coli Mutant E73Q | |||||||||
![]() | L-FUCULOSE 1-PHOSPHATE ALDOLASE | |||||||||
![]() | ALDOLASE (CLASS II) / BACTERIAL L-FUCOSE METABOLISM / CLEAVAGE OF L-FUCULOSE 1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONE PHOSPHATE AND L-LACTALDEHYDE / MUTANT STRUCTURE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / D-arabinose catabolic process / L-fucose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Joerger, A.C. / Schulz, G.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of l-fuculose-1-phosphate aldolase mutants outlining motions during catalysis. 著者: Joerger, A.C. / Mueller-Dieckmann, C. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Catalytic Action of Fuculose 1-Phosphate Aldolase (Class II) as Derived by Structure-Directed Mutagenesis 著者: Joerger, A.C. / Gosse, C. / Fessner, W.-D. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: Catalytic Mechanism of the Metal-Dependent Fuculose Aldolase from Escherichia Coli as Derived from the Structure 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: The Spatial Structure of the Class II L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase from Escherichia Coli 著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | BIOMOLECULE |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 P
#1: タンパク質 | 分子量: 23804.334 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: E73Q MUTATION PERFORMED WITH PHOSPHOROTHIOATE METHOD USING M13MP19 プラスミド: PKKFA2-E73Q / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P11550, UniProt: P0AB87*PLUS, L-fuculose-phosphate aldolase |
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-非ポリマー , 5種, 122分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/13P.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/13P.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BME / | #4: 化合物 | ChemComp-13P / | #5: 化合物 | ChemComp-ZN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN P ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: CRYSTALS GROWN FROM AMMONIUM SULFATE AT PH 8.0, VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROP, CONDITIONS CLOSE TO THE ONES REPORTED FOR THE WILD-TYPE, SEE PDB ID 1FUA FOR FURTHER DETAILS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Dreyer, M.K., (1996) Acta Crystallog. sect., D52, 1082. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MULTIWIRE SIEMENS X-100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→10 Å / Num. obs: 10320 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.13 / % possible all: 87 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87 % / Num. unique obs: 861 / Rmerge(I) obs: 0.13 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.15→10 Å / SU B: 2.8 / SU ML: 0.07 / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.19 詳細: THE 9 C-TERMINAL RESIDUES (LYS207 - GLU 215) WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |