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- PDB-1e3j: Ketose reductase (sorbitol dehydrogenase) from silverleaf whitefly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e3j
タイトルKetose reductase (sorbitol dehydrogenase) from silverleaf whitefly
要素NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FRUCTOSE REDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sorbitol catabolic process / L-iditol 2-dehydrogenase (NAD+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...Sorbitol dehydrogenase-like / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / PHOSPHATE ION / Sorbitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種BEMISIA ARGENTIFOLII (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Banfield, M.J. / Salvucci, M.E. / Baker, E.N. / Smith, C.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Nadp(H)-Dependent Ketose Reductase from Besimia Argentifolii at 2.3 Angstrom Resolution
著者: Banfield, M.J. / Salvucci, M.E. / Baker, E.N. / Smith, C.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Nadp-Dependent Bacterial Alcohol Dehydrogenases: Crystal Structure, Co-Factor-Binding and Co-Factor Specificity of the Adhs of Clostridium Beijerinckii and Thermoanaerobacter Brockii
著者: Korkhin, Y. / Kalb, A.J. / Peretz, M. / Bogin, O. / Burstein, Y. / Frolow, F.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Nadp-Dependent Bacterial Alcohol Dehydrogenases: Crystal Structure, Co-Factor-Binding and Co-Factor Specificity of the Adhs of Clostridium Beijerinckii and Thermoanaerobacter Brockii
著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I.
履歴
登録2000年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5015
ポリマ－38,2131
非ポリマー2884
水84747
1
A: NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,00320
ポリマ－152,8534
非ポリマー1,15016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.822, 98.395, 120.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2013-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE


分子量: 38213.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BEMISIA ARGENTIFOLII (昆虫) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O96496
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化pH: 8.75
詳細: 1.4M AMMONIUM SUPLHATE, 6% (V/V) GLYCERO 100MM BORIC ACID, PH8.75
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
36 %glycerol1reservoir
40.1 Mboric acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9998, 1.1807, 1.2825, 1.2829
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.99981
21.18071
31.28251
41.28291
反射解像度: 2.3→22 Å / Num. obs: 21214 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 44.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
最低解像度: 22 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1位相決定
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2766186.47 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN I THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1074 5.2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 20818 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.7918 Å2 / ksol: 0.314832 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.87 Å20 Å20 Å2
2---6.01 Å20 Å2
3----2.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2568 0 11 47 2626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 157 4.5 %
Rwork0.267 3324 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.14
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.38 Å / Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor obs: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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