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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e3j | ||||||
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タイトル | Ketose reductase (sorbitol dehydrogenase) from silverleaf whitefly | ||||||
要素 | NADP(H)-DEPENDENT KETOSE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FRUCTOSE REDUCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BEMISIA ARGENTIFOLII (昆虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Banfield, M.J. / Salvucci, M.E. / Baker, E.N. / Smith, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Nadp(H)-Dependent Ketose Reductase from Besimia Argentifolii at 2.3 Angstrom Resolution 著者: Banfield, M.J. / Salvucci, M.E. / Baker, E.N. / Smith, C.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Nadp-Dependent Bacterial Alcohol Dehydrogenases: Crystal Structure, Co-Factor-Binding and Co-Factor Specificity of the Adhs of Clostridium Beijerinckii and Thermoanaerobacter Brockii 著者: Korkhin, Y. / Kalb, A.J. / Peretz, M. / Bogin, O. / Burstein, Y. / Frolow, F. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976 タイトル: Nadp-Dependent Bacterial Alcohol Dehydrogenases: Crystal Structure, Co-Factor-Binding and Co-Factor Specificity of the Adhs of Clostridium Beijerinckii and Thermoanaerobacter Brockii 著者: Eklund, H. / Nordstrom, B. / Zeppezauer, E. / Soderlund, G. / Ohlsson, I. / Boiwe, T. / Soderberg, B.O. / Tapia, O. / Branden, C.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e3j.cif.gz | 78.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e3j.ent.gz | 59.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e3j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e3j_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e3j_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e3j_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e3j_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/1e3j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38213.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BEMISIA ARGENTIFOLII (昆虫) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O96496 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-BO3 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.75 詳細: 1.4M AMMONIUM SUPLHATE, 6% (V/V) GLYCERO 100MM BORIC ACID, PH8.75 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9998, 1.1807, 1.2825, 1.2829 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月15日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→22 Å / Num. obs: 21214 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 44.9 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 95.5 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 22 Å | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2766186.47 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN I THE DENSITY MAPS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.7918 Å2 / ksol: 0.314832 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.38 Å / Rfactor Rfree: 0.345 / Rfactor obs: 0.27 |