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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+39 | |||||||||
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タイトル | Flavocytochrome C3 from Shewanella frigidimarina histidine 365 mutated to alanine | |||||||||
![]() | FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / FUMARATE REDUCTASE MUTANT H365A / RESPIRATORY FUMARATE REDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() fumarate reductase (cytochrome) / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic respiration / steroid metabolic process / FMN binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Doherty, M.K. / Pealing, S.L. / Miles, C.S. / Moysey, R. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of the Active Site Acid/Base Catalyst in a Bacterial Fumarate Reductase: A Kinetic and Crystallographic Study 著者: Doherty, M.K. / Pealing, S.L. / Miles, C.S. / Moysey, R. / Taylor, P. / Walkinshaw, M.D. / Reid, G.A. / Chapman, S.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 755.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 767.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qjdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60560.172 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCIMB400 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q07WU7, UniProt: P0C278*PLUS, succinate dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 613分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
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![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FUM.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 化合物 | ChemComp-FUM / | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CHAIN A ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: HANGING DROP, 50-100MM TRIS-HCL PH 7.4, 80MM NACL, 17-20% PEG 8000, 10MM FUMARATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月9日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 54314 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.699 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 19.01 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Mean I/σ(I) obs: 7.14 / % possible all: 74.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 24 Å / Num. measured all: 265858 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QJD 解像度: 1.8→18 Å / Num. parameters: 20251 / Num. restraintsaints: 18150 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.247 / Rfactor Rwork: 0.1814 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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