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- PDB-1e2t: Arylamine N-acetyltransferase (NAT) from Salmonella typhimurium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e2t
タイトルArylamine N-acetyltransferase (NAT) from Salmonella typhimurium
要素N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / ACETYL COA DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase / N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arylsulfatase, C-terminal domain - #150 / Helix Hairpins - #1930 / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Arylsulfatase, C-terminal domain / Helix Hairpins / Lipocalin / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Arylsulfatase, C-terminal domain - #150 / Helix Hairpins - #1930 / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Arylsulfatase, C-terminal domain / Helix Hairpins / Lipocalin / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arylamine N-acetyltransferase / N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sinclair, J.C. / Sandy, J. / Delgoda, R. / Sim, E. / Noble, M.E.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of Arylamine N-Acetyltransferase Reveals a Catalytic Triad
著者: Sinclair, J.C. / Sandy, J. / Delgoda, R. / Sim, E. / Noble, M.E.M.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1998
タイトル: Purification, Characterization, and Crystallization of an N-Hydroxyarylamine O-Acetyltransferase from Salmonella Typhimurium
著者: Sinclair, J.C. / Delgoda, R. / Noble, M.E. / Jarmin, S. / Goh, N.K. / Sim, E.
履歴
登録2000年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
B: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
C: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
D: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
E: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
F: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
G: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
H: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,0158
ポリマ－260,0158
非ポリマー00
水8,431468
1
A: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
B: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
C: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
D: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE

A: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
B: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
C: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
D: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,0158
ポリマ－260,0158
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area15070 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area104140 Å2
手法PQS
2
E: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
F: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
G: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
H: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE

E: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
F: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
G: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE
H: N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,0158
ポリマ－260,0158
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area15760 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area104210 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.530, 222.419, 104.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.81182, -0.57722, -0.08812), (-0.5685, 0.74689, 0.34492), (-0.13327, 0.33011, -0.93449)223.10291, 50.76181, 115.83584
2given(-0.46048, -0.00013, 0.88767), (0.0267, -0.99955, 0.0137), (0.88727, 0.03001, 0.46027)74.20797, 168.87569, -47.90586
3given(0.29006, 0.56335, -0.77363), (0.56105, -0.75499, -0.33942), (-0.77529, -0.3356, -0.53507)69.67397, 122.64743, 205.04736
4given(-0.99759, 0.06832, -0.01229), (0.0684, 0.99764, -0.00622), (0.01183, -0.00704, -0.99991)127.68368, -3.58313, 84.94181
5given(0.76867, 0.62681, 0.12753), (-0.62811, 0.70194, 0.3358), (0.12096, -0.33822, 0.93326)-93.19045, 62.69694, -28.65072
6given(-0.20881, -0.61084, 0.76372), (0.5946, -0.69931, -0.39676), (0.77644, 0.37126, 0.50922)60.31319, 120.53935, -121.20006
7given(0.44425, -0.07801, -0.8925), (0.00719, -0.99586, 0.09063), (-0.89587, -0.04668, -0.44185)67.10536, 167.01891, 134.24864

-
要素

#1: タンパク質
N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE / NAT


分子量: 32501.852 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
遺伝子: NHOA / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q00267, N-hydroxyarylamine O-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
43 mMdithiothreitol1drop
50.8 MNa/K tartrate1reservoir
60.1 MMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933, 0.979
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.9791
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 73897 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 235995 / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE LAST 8 RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS IN CHAIN A, B, C, D, E, F, G, H
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 -5 %
Rwork0.264 --
obs0.264 72898 94.7 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17792 0 0 468 18260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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