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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e2j | ||||||
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タイトル | The nucleoside binding site of Herpes simplex type 1 thymidine kinase analyzed by X-ray crystallography | ||||||
要素 | THYMIDINE KINASEチミジンキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ADENINE ANALOG / ENZYME-PRODRUG GENE THERAPY / NUCLEOSIDE- BINDING / THYMIDINE KINASE (チミジンキナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TMP biosynthetic process / チミジンキナーゼ / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HERPES SIMPLEX VIRUS (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vogt, J. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins: Struct.,Funct., Genet. / 年: 2000 タイトル: Nucleoside Binding Site of Herpes Simplex Type 1 Thymidine Kinase Analyzed by X-Ray Crystallography 著者: Vogt, J. / Perozzo, R. / Pautsch, A. / Prota, A. / Schelling, P. / Pilger, B. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structures of the Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type-1 in Complex with Deoxythymidine and Ganciclovir 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e2j.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e2j.ent.gz | 102.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/1e2j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.92776, -0.32039, -0.19133), ベクター: 詳細 | THE STRONG CRYSTAL PACKING GENERATED USING X , 1-Y, -Z GIVESCHAIN A TO CHAIN A (SYMMETRY RELATED) CONTACTS. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35765.059 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HERPES SIMPLEX VIRUS (TYPE 1/STRAIN 17) (ヘルペスウイルス) 株: 17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, チミジンキナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A AND B ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: LITHIUM SULPHATE, HEPES, DTT, DT, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MULTIWIRE SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月24日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 23273 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VTK 解像度: 2.5→20 Å / SU B: 6.64 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.325
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |