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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e2h | ||||||
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タイトル | The nucleoside binding site of Herpes simplex type 1 thymidine kinase analyzed by X-ray crystallography | ||||||
![]() | THYMIDINE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ADENINE ANALOG / ENZYME-PRODRUG GENE THERAPY / NUCLEOSIDE- BINDING / THYMIDINE KINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vogt, J. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nucleoside Binding Site of Herpes Simplex Type 1 Thymidine Kinase Analyzed by X-Ray Crystallography 著者: Vogt, J. / Perozzo, R. / Pautsch, A. / Prota, A. / Schelling, P. / Pilger, B. / Folkers, G. / Scapozza, L. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1995 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Crystal Structures of the Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type-1 in Complex with Deoxythymidine and Ganciclovir 著者: Brown, D.G. / Visse, R. / Sandhu, G. / Davies, A. / Rizkallah, P.J. / Melitz, C. / Summers, W.C. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.92857, -0.31386, -0.19811), ベクター: 詳細 | THE STRONG CRYSTAL PACKING GENERATED USING X , 1-Y, -Z GIVESCHAIN A TO CHAIN A (SYMMETRY RELATED) CONTACTS. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35779.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 17 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: LITHIUM SULPHATE, HEPES, DTT, pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 8 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9057 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 56856 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VTK 解像度: 1.9→20 Å / SU B: 1.9 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |