PDB-1dw5: NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: NO CONSTRAINTS ON DISULPH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dw5

タイトル

NMR STRUCTURE OF OMEGA-CONOTOXIN MVIIA: NO CONSTRAINTS ON DISULPHIDE BRIDGES

要素

OMEGA-CONOTOXIN MVIIA

キーワード

TOXIN / CONOTOXIN / CALCIUM CHANNEL / CONFORMATIONAL EXCHANGE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Atkinson, R.A. / Kieffer, B. / Dejaegere, A. / Sirockin, F. / Lefevre, J.-F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural and dynamic characterization of omega-conotoxin MVIIA: the binding loop exhibits slow conformational exchange.
著者: Atkinson, R.A. / Kieffer, B. / Dejaegere, A. / Sirockin, F. / Lefevre, J.F.

履歴

登録	2000年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dw5.cif.gz	157 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dw5.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/1dw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dw4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2kxa-d 2lix-d 1tr6-d 1vl3-d 2mfp-d 1ttl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA-CONOTOXIN MVIIA

2.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA-CONOTOXIN MVIIA 分子量: 2650.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN CONUS MAGUS (MAGUS CONE) 参照: UniProt: P05484
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D COSY
1	3	1	2D HOHAHA
1	4	1	2D 13C-1H HSQC

NMR実験の詳細

Text: TEMPERATURE DEPENDENCE OF CHEMICAL SHIFTS, NH EXCHANGE INTO D2O, RELAXATION MEASUREMENTS AT 500 AND 600 MHZ

-
試料調製

詳細	内容: 1
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 3.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 283.00 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR	1.2	構造決定
Felix	2.1	構造決定
X-PLOR	3.1	構造決定
X-PLOR	3.1	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SUBSTRUCTURE EMBEDDING BY DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING REGULARISATION OF FULL STRUCTURE, SIMULATED ANNEALING REFINEMENT

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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