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万見
- PDB-1dv3: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN TH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dv3
タイトルPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES IN THE CHARGE-SEPARATED D+QAQB-STATE WITH THE PROTON TRANSFER INHIBITOR CD2+
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Bacterial Photosynthesis / Rhodobacter sphaeroides / Metal Ion Binding / Cation Binding / Proton Transfer / Integral Membrane Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / : / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein M chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Okamura, M.Y. / Feher, G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Determination of the binding sites of the proton transfer inhibitors Cd2+ and Zn2+ in bacterial reaction centers.
著者: Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Okamura, M.Y. / Feher, G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Identification of the Proton Pathway in Bacterial Reaction Centers: Inhibition of Proton Transfer by Binding of Zn2+ or Cd2+
著者: Paddock, M.L. / Graige, M.S. / Feher, G. / Okamura, M.Y.
#2: ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 1998
タイトル: Identification of proton transfer pathways in the X-ray crystal structure of the bacterial reaction center from Rhodobacter sphaeroides
著者: Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Stowell, M.H.B. / McPhillips, T.M. / Axelrod, H.L. / Soltis, S.M. / Rees, D.C. / Okamura, M.Y. / Feher, G.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Light-Induced Structural Changes in Photosynthetic Reaction Center: Implications for Mechanism of Electron-Proton Transfer
著者: Stowell, M.H. / McPhillips, T.M. / Rees, D.C. / Soltis, S.M. / Abresch, E. / Feher, G.
履歴
登録2000年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
R: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
S: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
T: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,84730
ポリマ－187,6796
非ポリマー15,16824
水7,314406
1
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,65316
ポリマ－93,8393
非ポリマー7,81413
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31290 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area30050 Å2
手法PISA
2
R: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
S: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
T: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,19414
ポリマ－93,8393
非ポリマー7,35511
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29510 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area30560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.250, 141.250, 275.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a monomer composed of chain L, chain M, chain H, and bound cofactors

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要素

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PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION ... , 3種, 6分子 LRMSHT

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 2 / 断片: L CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER


分子量: 34355.520 Da / 分子数: 2 / 断片: M CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER REACTION CENTER


分子量: 28137.398 Da / 分子数: 2 / 断片: H CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS

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非ポリマー , 8種, 430分子

#4: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#5: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#6: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, heptanetriol, TRIS-HCL, LDAO detergent, sodium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-Cl1drop
36.0 %PEG40001drop
40.4 %ampiphiles benzamidine hydrochloride1drop
52.5 %heptane triol1drop
632 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→27.8 Å / Num. all: 94618 / Num. obs: 91189 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 49.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 5527 / % possible all: 78.3
反射
*PLUS
Num. obs: 12363 / Num. measured all: 91189
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.5→27.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
詳細: Bulk solvent correction applied during the refinement. Refinement was carried out with a maximum likelihood target function and non-crystallographic symmetry restraints.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 4391 -The test set was the same subset of reflections used for the refinement of PDB entry 1aij
Rwork0.226 ---
all0.227 96784 --
obs0.227 87765 95.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12982 0 883 406 14271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg21.26
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.03
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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