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- PDB-1dux: ELK-1/DNA STRUCTURE REVEALS HOW RESIDUES DISTAL FROM DNA-BINDING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dux
タイトルELK-1/DNA STRUCTURE REVEALS HOW RESIDUES DISTAL FROM DNA-BINDING SURFACE AFFECT DNA-RECOGNITION
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*T)-3')
  • ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1
キーワードTranscription/DNA / ETS-DOMAIN / DNA-BINDING DOMAIN / WINGED HELIX-TURN-HELIX / DNA-BINDING SPECIFICITY / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / cellular response to testosterone stimulus / mediator complex binding / NGF-stimulated transcription / transcription regulator activator activity / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / transcription regulator inhibitor activity ...hippocampal neuron apoptotic process / response to fibroblast growth factor / cellular response to testosterone stimulus / mediator complex binding / NGF-stimulated transcription / transcription regulator activator activity / ERK/MAPK targets / response to light stimulus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / transcription regulator inhibitor activity / axon terminus / lung development / liver development / cellular response to gamma radiation / mitochondrial membrane / HCMV Early Events / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ETS domain-containing protein Elk-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the elk-1-DNA complex reveals how DNA-distal residues affect ETS domain recognition of DNA.
著者: Mo, Y. / Vaessen, B. / Johnston, K. / Marmorstein, R.
履歴
登録2000年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*A)-3')
C: ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1
F: ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0226
ポリマ－38,0226
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.245, 140.523, 38.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.52, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4031.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*A)-3')


分子量: 3911.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-1 / TRANSFORMING PROTEIN ELK-1 / ELK1 / MEMBER OF ETS ONCOGENE FAMILY


分子量: 11067.706 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-94 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19419
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 50 mM sodium Cacodylate, 10% PEG 2000, 100 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 3 mM ZnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium Cacodylate11
2MgCl211
3NaCl11
4ZnCl211
5PEG 200011
6PEG 200012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 mMprotein1drop
20.13 mMDNA1drop
325 mMsodium cacodylate1drop
45 %(w/v)PEG20001drop
550 mM1dropMgCl2
650 mM1dropNaCl
71.5 mM1dropZnCl2
850 mMsodium cacodylate1reservoir
910 %(w/v)PEG20001reservoir
10100 mM1reservoirMgCl2
11100 mM1reservoirNaCl
123.0 mM1reservoirZnCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X4A10.9791
シンクロトロンNSLS X8C20.98165
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1998年2月15日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1998年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.981651
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 18614 / Num. obs: 17831 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.01 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Num. unique all: 1443 / % possible all: 77.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1827 10.2 %random
Rwork0.202 ---
all-18614 --
obs-17831 95.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 1054 0 225 2777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.089
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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