PDB-1dum: NMR STRUCTURE OF [F5Y, F16W] MAGAININ 2 BOUND TO PHOSPHOLIPID VESICLES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dum

タイトル

NMR STRUCTURE OF [F5Y, F16W] MAGAININ 2 BOUND TO PHOSPHOLIPID VESICLES

要素

MAGAININ 2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic / magainin / dimer / amphipathic helix / membrane / vesicle / bilayer

機能・相同性

antimicrobial peptide biosynthetic process / extraorganismal space / regulation of defense response to virus / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / Magainins

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Takeda, A. / Wakamatsu, K. / Tachi, T. / Matsuzaki, K.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2001
タイトル: Effects of peptide dimerization on pore formation: Antiparallel disulfide-dimerized magainin 2 analogue.
著者: Hara, T. / Kodama, H. / Kondo, M. / Wakamatsu, K. / Takeda, A. / Tachi, T. / Matsuzaki, K.

履歴

登録	2000年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dum.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dum.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/1dum	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5jb5-2 1gps-d 1j8e-d 5lcs-d 2tob-d 6svc-d 2n4t-d 2lr3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MAGAININ 2

B: MAGAININ 2

5.05 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	MAGAININ 2 分子量: 2526.973 Da / 分子数: 2 / 変異: F5Y, F16W / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide was prepared by solid-phase synthesis. The sequence of this peptide naturally occurs in Xenopus laevis (African clawed frog) 参照: UniProt: P11006

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細	Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 5mM [F5Y, F16W] magainin 2, 0.5mM DLPC-d64 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50mM / pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 318 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker ARX / 製造業者: Bruker / モデル: ARX / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	1.3	Bruker	collection
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 466 NOE-derived distance constraints (per protomer), 32 of which are treated as ambiguous.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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