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万見
- PDB-1dto: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE TRANSACTIVATION DOMAIN OF E2 PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dto
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLETE TRANSACTIVATION DOMAIN OF E2 PROTEIN FROM THE HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 16
要素REGULATORY PROTEIN E2
キーワードVIRAL PROTEIN / three-helix bundle / beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / viral DNA genome replication / regulation of DNA replication / DNA replication / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal ...E2 (early) protein, N terminal domain, subdomain 1 / Regulatory Protein E2; Chain: A; Domain 2 / Papillomavirus E2 early protein domain / Papillomavirus E2, C-terminal / Papillomavirus E2, N-terminal / Regulatory protein E2 / E2 regulatory, transactivation domain / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 1 / E2 regulatory, transactivation domain, subdomain 2 / E2 (early) protein, N terminal / E2 (early) protein, C terminal / E2/EBNA1, C-terminal / Beta Complex / Helix Hairpins / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein E2
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Antson, A.A. / Burns, J.E. / Moroz, O.V. / Scott, D.J. / Sanders, C.M. / Bronstein, I.B. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Maitland, N.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Structure of the intact transactivation domain of the human papillomavirus E2 protein.
著者: Antson, A.A. / Burns, J.E. / Moroz, O.V. / Scott, D.J. / Sanders, C.M. / Bronstein, I.B. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Maitland, N.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Expression, Crystallisation and Preliminary X-ray Analysis of the E2 Transactivation Domain from Papillomavirus Type 16
著者: Burns, J.E. / Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Sanders, C.M. / Wilson, K.S. / Maitland, N.J.
履歴
登録2000年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6991
ポリマ－25,6991
非ポリマー00
水3,801211
1
A: REGULATORY PROTEIN E2

A: REGULATORY PROTEIN E2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3982
ポリマ－51,3982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)54.680, 54.680, 155.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A; the symmetry partner is generated by the crystallographic two-fold rotation X-Y,-Y,2/3-Z

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要素

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN E2


分子量: 25698.955 Da / 分子数: 1 / 断片: TRANSACTIVATION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
属: Alphapapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 16 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03120
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: monomethylether PEG 5000, NaCl, isopropanol, triethanolamine,Tris-HCl, DTT, EDTA, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.0-5.0 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.5 mMdithiothreitol1drop
40.2 mMEDTA1drop
5300 mM1dropNaCl
611 %mPEG50001reservoir
75-9 %isopropanol1reservoir
80.1 Mtriethanolamine1reservoir
9300 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.89
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 21751 / Num. obs: 21751 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Num. unique all: 837 / % possible all: 89.3
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.3 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→30 Å / SU B: 4.1 / SU ML: 0.121 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 1111 5 %Random
Rwork0.232 ---
all0.236 21748 --
obs0.236 21748 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 0 211 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.00960.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1420.02
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.25
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.820
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor26.130
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.614
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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