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- PDB-1dsi: Solution structure of a duocarmycin sa-indole-alkylated dna dupleX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dsi
タイトルSolution structure of a duocarmycin sa-indole-alkylated dna dupleX
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*C)-3')
キーワードDNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DUOCARMYCIN / MINOR GROOVE BINDING / ANTITUMOR AGENT / LIGAND-DNA COMPLEX
機能・相同性Chem-DSI / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI STRUCTURES WERE THEN DOCKED, ITERATIVELY REFINED BY A SERIES OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS.
データ登録者Schnell, J.R. / Ketchem, R.R. / Boger, D.L. / Chazin, W.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999
タイトル: Binding-Induced Activation of DNA Alkylation by Duocarmycin SA: Insights from the Structure of an Indole Derivative-DNA Adduct
著者: Schnell, J.R. / Ketchem, R.R. / Boger, D.L. / Chazin, W.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: High Resolution Solution Structure of a DNA Duplex Alkylated by the Antitumor Agent Duocarmycin Sa
著者: Eis, P.S. / Smith, J.A. / Rydzewski, J.M. / Case, D.A. / Boger, D.L. / Chazin, W.J.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1997
タイトル: Duocarmycin Sa Shortened, Simplified, and Extended Agents: A Systematic Examination of the Role of the DNA Binding Subunit
著者: Boger, D.L. / Herzog, D.L. / Bollinger, B. / Johnson, D.S. / Cai, H. / Goldberg, J. / Turnbull, P.
履歴
登録1998年7月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0953
ポリマ－6,7052
非ポリマー3891
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3357.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MINOR GROOVE BOUND DUOCARMYCIN SA-INDOLE
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MINOR GROOVE BOUND DUOCARMYCIN SA-INDOLE
#3: 化合物 ChemComp-DSI / 4-HYDROXY-6-(1H-INDOLE-2-CARBONYL)-8-METHYL-3,6,7,8-TETRAHYDRO-3,6-DIAZA-AS-INDACENE-2-CARBOXYLIC ACID METHYL ESTER / (+)DUOCARMYCIN SA-INDOLE / (8S)-4-ヒドロキシ-6-(1H-インド-ル-2-イルカルボニル)-8β-メチル-3,6,7,8-テトラヒドロベン(以下略)


分子量: 389.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
1412Q
151P.E. COSY
1611H-13C HSQC
1711D 31P
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H NMR DATA. RESONANCE ASSIGNMENTS WERE AIDED BY A 1H - 13C HSQC EXPERIMENT PERFORMED AT NATURAL ISOTOPE ABUNDANCE.

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試料調製

試料状態イオン強度: 150mM / pH: 7 / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber5.1PEARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON,SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
Felix97構造決定
NAB2.1構造決定
MARDIGRAS5.21構造決定
Amber5.1構造決定
精密化手法: NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI ...手法: NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI STRUCTURES WERE THEN DOCKED, ITERATIVELY REFINED BY A SERIES OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS.
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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