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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dsi | ||||||
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タイトル | Solution structure of a duocarmycin sa-indole-alkylated dna dupleX | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / DUOCARMYCIN / MINOR GROOVE BINDING / ANTITUMOR AGENT / LIGAND-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | Chem-DSI / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI STRUCTURES WERE THEN DOCKED, ITERATIVELY REFINED BY A SERIES OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS. | ||||||
データ登録者 | Schnell, J.R. / Ketchem, R.R. / Boger, D.L. / Chazin, W.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999 タイトル: Binding-Induced Activation of DNA Alkylation by Duocarmycin SA: Insights from the Structure of an Indole Derivative-DNA Adduct 著者: Schnell, J.R. / Ketchem, R.R. / Boger, D.L. / Chazin, W.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: High Resolution Solution Structure of a DNA Duplex Alkylated by the Antitumor Agent Duocarmycin Sa 著者: Eis, P.S. / Smith, J.A. / Rydzewski, J.M. / Case, D.A. / Boger, D.L. / Chazin, W.J. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1997 タイトル: Duocarmycin Sa Shortened, Simplified, and Extended Agents: A Systematic Examination of the Role of the DNA Binding Subunit 著者: Boger, D.L. / Herzog, D.L. / Bollinger, B. / Johnson, D.S. / Cai, H. / Goldberg, J. / Turnbull, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dsi.cif.gz | 297.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dsi.ent.gz | 243.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dsi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dsi_validation.pdf.gz | 413.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dsi_full_validation.pdf.gz | 610.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dsi_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dsi_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/1dsi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3357.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MINOR GROOVE BOUND DUOCARMYCIN SA-INDOLE |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MINOR GROOVE BOUND DUOCARMYCIN SA-INDOLE |
#3: 化合物 | ChemComp-DSI / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H NMR DATA. RESONANCE ASSIGNMENTS WERE AIDED BY A 1H - 13C HSQC EXPERIMENT PERFORMED AT NATURAL ISOTOPE ABUNDANCE. |
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 150mM / pH: 7 / 温度: 300 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI ...手法: NAB TO GENERATE A FAMILY OF CONFOMRERS THAT SAMPLE A WIDE RANGE OF CONFORMATIONAL SPACE. RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS TO GENERATE A RANGE OF STARTING STRUCTURES FOR DSI. PAIRS OF DNA, DSI STRUCTURES WERE THEN DOCKED, ITERATIVELY REFINED BY A SERIES OF RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS CALCULATIONS. ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |