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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dnp | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DEOXYRIBODIPYRIMIDINE PHOTOLYASE | ||||||
![]() | DNA PHOTOLYASE | ||||||
![]() | LYASE (CARBON-CARBON) / DNA REPAIR / ELECTRON TRANSFER / EXCITATION ENERGY TRANSFER / LYASE / CARBON-CARBON | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / : / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Park, H.-W. / Sancar, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of DNA photolyase from Escherichia coli. 著者: Park, H.W. / Kim, S.T. / Sancar, A. / Deisenhofer, J. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Escherichia Coli DNA Photolyase 著者: Park, H.W. / Sancar, A. / Deisenhofer, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.025044, -0.324306, -0.945621), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53601.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PHOTOREACTIVATING ENZYME / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法詳細: seeding. refer to Park, H.W., (1993) J.Mol.Biol., 231, 1122. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 33086 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 76311 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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