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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dnh | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE MOLECULAR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HOECHST 33258 AND THE DNA DODECAMER D(CGCGAATTCGCG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | データ登録者 | Teng, M.-K. / Usman, N. / Frederick, C.A. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1988 | タイトル: The molecular structure of the complex of Hoechst 33258 and the DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG). 著者: Teng, M.K. / Usman, N. / Frederick, C.A. / Wang, A.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dnh.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dnh.ent.gz | 17.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dnh_validation.pdf.gz | 545.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dnh_full_validation.pdf.gz | 567.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dnh_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dnh_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dnh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: NO DISORDERED DRUG |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS Crystal-ID: 1
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 3634 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / 最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 2000 / Rfactor obs: 0.157 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |