+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dn5 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SOLVATION OF THE LEFT-HANDED HEXAMER D(5BRC-G-5BRC-G-5BRC-G) IN CRYSTALS GROWN AT TWO TEMPERATURES | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 | タイトル: Solvation of the left-handed hexamer d(5BrC-G-5BrC-G-5 BrC-G) in crystals grown at two temperatures. 著者: Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dn5.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1dn5.ent.gz | 11.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dn5_validation.pdf.gz | 370.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1dn5_full_validation.pdf.gz | 379.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dn5_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dn5_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2046.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 18.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 310.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 310 K |
---|---|
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→10 Å / Num. all: 5470 / Num. obs: 3765 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.4→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / σ(F): 2 /
| ||||||||||||
Refine Biso |
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
| ||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|