PDB-1dn4: SOLVATION OF THE LEFT-HANDED HEXAMER D(5BRC-G-5BRC-G-5BRC-G) IN C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dn4

タイトル

SOLVATION OF THE LEFT-HANDED HEXAMER D(5BRC-G-5BRC-G-5BRC-G) IN CRYSTALS GROWN AT TWO TEMPERATURES

要素

DNA (5'-D(*(CBR)P*GP*(CBR)P*GP*(CBR)P*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Solvation of the left-handed hexamer d(5BrC-G-5BrC-G-5 BrC-G) in crystals grown at two temperatures.
著者: Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E.

履歴

登録	1986年12月1日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1987年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dn4.cif.gz	16.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dn4.ent.gz	11.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dn5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gda-d 3f8o-d 1dn5-d 242d-d 1xam-1 2htt-1 133d-d 6aqw-4 181d-d 6aqt-3 5ebi-1 4e2r-d 6aqw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*(CBR)P*GP*(CBR)P*GP*(CBR)P*G)-3')

B: DNA (5'-D(*(CBR)P*GP*(CBR)P*GP*(CBR)P*G)-3')

4.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	18.010, 30.880, 44.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

Atom site foot note

2: ATOM HOH 1 IS PROBABLY A SODIUM ION.

#1: DNA鎖	DNA (5'-D((CBR)PGP(CBR)PGP(CBR)PG)-3') 分子量: 2046.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 291.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NACL	1	1
4	NA CACODYLATE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 6.5

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	20 mM	sodium cacodylate	1	drop
2	200 mM		1	drop	NaCl
3	1 mg/ml	protein	1	drop
4	10-60 %	MPD	1	reservoir
5			1
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K
検出器	タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 3195 / Num. obs: 2919 / Observed criterion σ(F): 3
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Observed criterion σ(F)*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.1327	3195

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL SOLVENTS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	6	61	307

ソフトウェア

*PLUS

名称: PROLSQ / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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