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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dn4 | ||||||||||||||||||
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タイトル | SOLVATION OF THE LEFT-HANDED HEXAMER D(5BRC-G-5BRC-G-5BRC-G) IN CRYSTALS GROWN AT TWO TEMPERATURES | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.6 Å | データ登録者 | Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986 | タイトル: Solvation of the left-handed hexamer d(5BrC-G-5BrC-G-5 BrC-G) in crystals grown at two temperatures. 著者: Chevrier, B. / Dock, A.C. / Hartmann, B. / Leng, M. / Moras, D. / Thuong, M.T. / Westhof, E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dn4.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dn4.ent.gz | 11.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dn4_validation.pdf.gz | 352.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dn4_full_validation.pdf.gz | 368.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dn4_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dn4_validation.cif.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dn4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 2: ATOM HOH 1 IS PROBABLY A SODIUM ION. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2046.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, temperature 291.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 3195 / Num. obs: 2919 / Observed criterion σ(F): 3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Observed criterion σ(F): 2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.6→10 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / σ(F): 3 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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