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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dm0 | ||||||
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タイトル | SHIGA TOXIN | ||||||
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![]() | TOXIN / AB5 STRUCTURE / POLYPEPTIDE A / BLOCKING / ACTIVE SITE | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the holotoxin from Shigella dysenteriae at 2.5 A resolution. 著者: Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N. #1: ![]() タイトル: X-ray Crystal Structure of the Shiga Toxin 著者: Fraser, M.E. / Chernaia, M.M. / Kozlov, Y.V. / James, M.N. #2: ![]() タイトル: Purification and Crystallization of Shiga Toxin from Shigella dysenteriae 著者: Kozlov, Y.V. / Chernaia, M.M. / Fraser, M.E. / James, M.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 508.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31561.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7BQ99, UniProt: Q9FBI2*PLUS, rRNA N-glycosylase #2: タンパク質 | 分子量: 7698.634 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: sodium citrate, ethanol, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Kozlov, Y.Z., (1993) J. Mol. Biol., 232, 704. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. all: 47612 / Num. obs: 47612 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.67 Å / Num. unique all: 5446 / % possible all: 53.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT dictionary / 詳細: Refinement with X-PLOR and TNT /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR, TNT' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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