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- PDB-1dlv: BIOSYNTHETIC THIOLASE FROM ZOOGLOEA RAMIGERA IN COMPLEX WITH COA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dlv
タイトルBIOSYNTHETIC THIOLASE FROM ZOOGLOEA RAMIGERA IN COMPLEX WITH COA
要素BIOSYNTHETIC THIOLASE
キーワードTRANSFERASE / BIOSYNTHETIC THIOLASE / COA / TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Modis, Y. / Wierenga, R.K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystallographic analysis of the reaction pathway of Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase.
著者: Modis, Y. / Wierenga, R.K.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: A biosynthetic thiolase in complex with a reaction intermediate: the crystal structure provides new insights into the catalytic mechanism.
著者: Modis, Y. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1999年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIOSYNTHETIC THIOLASE
B: BIOSYNTHETIC THIOLASE
C: BIOSYNTHETIC THIOLASE
D: BIOSYNTHETIC THIOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,67014
ポリマ－161,0244
非ポリマー3,64710
水12,935718
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19280 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area48340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.818, 79.302, 149.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BIOSYNTHETIC THIOLASE


分子量: 40255.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07097, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: AMMONIUM SULPHATE, LITHIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.9 Mammonium sulfate1reservoir
21 Mlithium sulfate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
51 mMsodium azide1reservoir
61 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→30 Å / Num. all: 93501 / Num. obs: 86956 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.45 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / % possible all: 95.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.29→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: WEIGHTED SPARSE MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 4383 -RANDOM
Rwork0.242 ---
all-93501 --
obs-86956 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11252 0 222 718 12192
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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