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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dk4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MJ0109 GENE PRODUCT INOSITOL MONOPHOSPHATASE | ||||||
![]() | INOSITOL MONOPHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HOMODIMER / COMPLEXED WITH ZN AND PI | ||||||
機能・相同性 | ![]() inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / signal transduction / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stec, B. / Yang, H. / Johnson, K.A. / Chen, L. / Roberts, M.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: MJ0109 is an enzyme that is both an inositol monophosphatase and the 'missing' archaeal fructose-1,6-bisphosphatase. 著者: Stec, B. / Yang, H. / Johnson, K.A. / Chen, L. / Roberts, M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1awbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain 1 and 2 both present in the asssymetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28611.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET23A(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG 8000, calcium chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年7月14日 / 詳細: graphite |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 21885 / Num. obs: 21539 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 4222 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.7 Å / % possible obs: 95.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1awb 解像度: 2.6→12 Å / Num. parameters: 16427 / Num. restraintsaints: 16868 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: SHELXL conjugent gradient
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: moews & kretsinger | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 4036 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.186 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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