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- PDB-1djc: STRUCTURE OF BETA-LACTAMASE PRECURSOR, S70A MUTANT, AT 120K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1djc
タイトルSTRUCTURE OF BETA-LACTAMASE PRECURSOR, S70A MUTANT, AT 120K
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PLASMID / TRANSPOSABLE ELEMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Membrane lipoprotein, lipid attachment site / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, C.C.H. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Structure and kinetics of the beta-lactamase mutants S70A and K73H from Staphylococcus aureus PC1.
著者: Chen, C.C. / Smith, T.J. / Kapadia, G. / Wasch, S. / Zawadzke, L.E. / Coulson, A. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1995
タイトル: An Engineered Staphylococcus Aureus Pc1 Beta-Lactamase that Hydrolyses Third-Generation Cephalosporins
著者: Zawadzke, L.E. / Smith, T.J. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Inhibition of Beta-Lactamase by Clavulanate. Trapped Intermediates in Cryocrystallographic Studies
著者: Chen, C.C. / Herzberg, O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.0
著者: Herzberg, O.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Bacterial Resistance to Beta-Lactam Antibiotics. Crystal Structure of Beta-Lactamase from Staphylococcus Aureus Pc1 at 2.5 A Resolution
著者: Herzberg, O. / Moult, J.
履歴
登録1996年8月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1154
ポリマ－28,8271
非ポリマー2883
水7,674426
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子

A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2318
ポリマ－57,6542
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.300, 87.400, 139.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-348-

HOH

21A-366-

HOH

31A-434-

HOH

41A-461-

HOH

51A-476-

HOH

61A-478-

HOH

71A-573-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / PENICILLINASE


分子量: 28827.211 Da / 分子数: 1 / 変異: S70A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SOAKED WITH AMPICILLIN BUT DENSITY WAS UNINTERPRETABLE
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: PC1 / 遺伝子: BLAZ / プラスミド: PTS6 / 遺伝子 (発現宿主): BLAZ
発現宿主: SHUTTLE PLASMID FROM ESCHERICHIA COLI MC1061 TO STAPHYLOCOCCUS AUREUS RN4220
参照: UniProt: P00807, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年10月17日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 19460 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 50754
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 41 % / Num. unique obs: 1559 / Num. measured obs: 2702 / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2
詳細: THE CONTINUOUS DENSITY IN THE ACTIVE SITE HAS NOT BEEN INTERPRETED AND ONLY ONE WATER MOLECULE HAS BEEN ASSIGNED IN THAT REGION (HOH 2). THE PROTEIN WAS SOAKED WITH AMPICILLIN BUT DENSITY WAS UNINTERPRETABLE.
Rfactor反射数
Rwork0.171 -
obs0.171 16371
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 0 161 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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