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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dj1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF R48A MUTANT OF CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
要素 | CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / HEME ENZYME / CAVITY MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Hirst, J. / Goodin, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Unusual oxidative chemistry of N(omega)-hydroxyarginine and N-hydroxyguanidine catalyzed at an engineered cavity in a heme peroxidase. 著者: Hirst, J. / Goodin, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dj1.cif.gz | 84.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dj1.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1dj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/1dj1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33139.824 Da / 分子数: 1 / 変異: R48A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PT7CCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: POTASSIUM PHOSPHATE, 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→7.7 Å / Num. all: 23101 / Num. obs: 23101 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.04 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / % possible all: 43 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.93→10 Å / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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