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- PDB-1dgd: AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dgd
タイトルAN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
要素DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) / 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate) activity / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 2,2-dialkylglycine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hohenester, E. / Jansonius, J.N.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: An alkali metal ion size-dependent switch in the active site structure of dialkylglycine decarboxylase.
著者: Hohenester, E. / Keller, J.W. / Jansonius, J.N.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Dialkylglycine Decarboxylase Structure: Bifunctional Active Site and Alkali Metal Sites
著者: Toney, M.D. / Hohenester, E. / Jacob, S.W. / Jansonius, J.N.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Pseudomonas Cepacia 2,2-Dialkylglycine Decarboxylase. Sequence and Expression in Escherichia Coli of Structural and Repressor Genes
著者: Keller, J.W. / Baurick, K.B. / Rutt, G.C. / O'Malley, M.V. / Sonafrank, N.L. / Reynolds, R. / Ebbesson, L.O. / Vajdos, F.F.
履歴
登録1994年6月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8465
ポリマ－46,3741
非ポリマー4724
水1,78399
1
A: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,38620
ポリマ－185,4974
非ポリマー1,88916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.700, 152.700, 86.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Atom site foot note1: ATOMS WITH WEAK DENSITY HAVE BEEN REFINED WITH ZERO WEIGHT.
2: LYS 272 IS COVALENTLY BOUND TO THE COFACTOR PLP.
詳細THE MOLECULE IS A TETRAMER OF IDENTICAL SUBUNITS. THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH COMPRISES ONE MONOMER. THE TETRAMER CAN BE GENERATED BY CRYSTALLOGRAPHIC DYADS. APPLYING THE FOLLOWING TRANSFORMATION TO THE COORDINATES IN THIS ENTRY WILL YIELD A DIMER: MTRIX1 1 -0.500000 0.866000 0.000000 0.00000 MTRIX2 1 0.866000 0.500000 0.000000 0.00000 MTRIX3 1 0.000000 0.000000 1.000000 28.87000 APPLYING THE FOLLOWING TRANSFORMATION TO THE DIMER WILL YIELD THE TETRAMER: MTRIX1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 76.40000 MTRIX2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 132.20000 MTRIX3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE


分子量: 46374.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cepacia (バクテリア)
参照: UniProt: P16932, 2,2-dialkylglycine decarboxylase (pyruvate)

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非ポリマー , 5種, 103分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: DGDA_BURCE SWISS-PROT RESIDUE PDB SEQRES NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE GLN 14 HIS 15 GLU 51 GLN 52 ILE 81 MET 82 VAL 82 LEU 83 ARG 307 PRO 308 PRO 309 LEU 309 GLY 312 ALA 312 THE PUBLISHED AMINO ACID SEQUENCE (REFERENCE 1) WAS CORRECTED AT THREE POSITIONS. RESEQUENCING OF SEVERAL GC-RICH REGIONS OF THE DGDA GENE VERIFIED THESE CHANGES (J.W. KELLER, PERSONAL COMMUNICATION): GLU 52 --> GLN 52 ILE 82, VAL 83 --> MET 82, LEU 83 ARG 308, CYS 309, PRO 310, PRO 311, ALA 312, GLY 313 --> PRO 308, LEU 309, PRO 310, ALA 311, ALA 312 (INCLUDES A DELETION). GLN 15 -->HIS 15 (M.D. TONEY ET AL., J. MOL. BIOL. 222: 873-875 (1991)).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 222.873-875 1991
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-60 mg/mlprotein1drop
25 mMpotassium phosphate1drop
30.015 mMPLP1drop
40.02 %(w/v)sodium azide1drop
515 %(w/v)PEG40001reservoir
615 mMmorpholinoethanesulfonic acid1reservoir
875-150 mMsodium pyruvate1reservoir
90.015 mMPLP1reservoir
7potassium hydroxide1reservoirto neutralize
100.02 %sodium azide1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 14859 / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 80899 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.178 14224
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3247 0 29 99 3375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.009
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.7
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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