PDB-1dfy: NMR STRUCTURE OF CONTRYPHAN-SM CYCLIC PEPTIDE (MAJOR FORM-CIS)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dfy

タイトル

NMR STRUCTURE OF CONTRYPHAN-SM CYCLIC PEPTIDE (MAJOR FORM-CIS)

要素

CONTRYPHAN-SM

キーワード

TOXIN / CYCLIC PEPTIDE / DISULFIDE BRIDGE / D-TRYPTOPHAN / CIS-TRANS ISOMERISM / CONTRYPHAN

機能・相同性

Contryphan, conserved site / Contryphan family signature. / Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Contryphan-Sm

機能・相同性情報

生物種

Conus stercusmuscarum (アケボノイモ)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION

データ登録者

Pallaghy, P.K. / He, W. / Jimenez, E.C. / Olivera, B.M. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structures of the contryphan family of cyclic peptides. Role of electrostatic interactions in cis-trans isomerism.
著者: Pallaghy, P.K. / He, W. / Jimenez, E.C. / Olivera, B.M. / Norton, R.S.

履歴

登録	1999年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_nmr_software ...entity_src_nat / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dfy.cif.gz	47.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dfy.ent.gz	34.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dfy_validation.pdf.gz	345.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dfy_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	1dfy_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	1dfy_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1dfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/1dfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dfzC 1dg0C 1qfb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CONTRYPHAN-SM

991 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	CONTRYPHAN-SM 分子量: 991.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Conus stercusmuscarum (アケボノイモ)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	E-COSY
1	4	1	TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 5.0 MM
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 2.9 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	1.3	BRUKER	collection
XEASY	1.3.13	ECCLES	解析
X-PLOR	3	BRUNGER	精密化

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: EM IN CHARMM-19 FORCE-FIELD WITH EXPLICIT BOX OF H2O TREATED WITH PBC

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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