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- PDB-1dfh: X-RAY STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ENOYL REDUCTASE WITH BOUND NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dfh
タイトルX-RAY STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI ENOYL REDUCTASE WITH BOUND NAD AND THIENO-DIAZABORINE
要素ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / LIPID BIOSYNTHESIS / DIAZABORINE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-TDB / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baldock, C. / Rafferty, J.B. / Rice, D.W.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: A mechanism of drug action revealed by structural studies of enoyl reductase.
著者: Baldock, C. / Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Hawkes, T.R. / Rice, D.W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization of Escherichia Coli Enoyl Reductase and its Complex with Diazaborine
著者: Baldock, C. / Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Bithell, S. / Stuitje, A.R. / Slabas, A.R. / Rice, D.W.
履歴
登録1997年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
B: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
A: 6-METHYL-2(PROPANE-1-SULFONYL)-2H-THIENO[3,2-D][1,2,3]DIAZABORININ-1-OL
B: 6-METHYL-2(PROPANE-1-SULFONYL)-2H-THIENO[3,2-D][1,2,3]DIAZABORININ-1-OL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3956
ポリマ－55,5232
非ポリマー1,8714
水00
1
A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
B: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
B: ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,78912
ポリマ－111,0474
非ポリマー3,7428
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area21670 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area31160 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.900, 80.900, 328.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.65, 0.605, -0.459), (0.606, 0.049, -0.794), (-0.458, -0.794, -0.399)
ベクター: 42.52, 148.48, 228.46001)

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要素

#1: タンパク質 ENOYL ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE / ENR


分子量: 27761.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PENVM5 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P29132, UniProt: P0AEK4*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-TDB / 6-METHYL-2(PROPANE-1-SULFONYL)-2H-THIENO[3,2-D][1,2,3]DIAZABORININ-1-OL / Diazaborine / ジアザボリンA


分子量: 272.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13BN2O3S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化pH: 5
詳細: 15% PEG 400, PH5.0 100MM ACETATE, 5MM NAD, 5MM 1,2-DIHYDRO-1-HYDROXY-2-(PROP-1-YLSULPHONYL)(5- METHYLTHIENO)[3,2-E][1,2,3]DIAZABORINE
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Baldock, C., (1996) Acta Crystallogr.,Sect.D, 52, 1181.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropNaPO4
31 mMdithiothreitol1drop
410 mMNAD+1drop
515 %PEG4001reservoir
6100 mMacetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月26日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20.6 Å / Num. obs: 31179 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 56.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 76176

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E. COLI ENR

解像度: 2.2→10 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: INITIALLY THE NAD AND THIENO-DIAZABORINE WERE REFINED INDEPENDENTLY AND NOT RESTRAINED BY THE COVALENT BOND BETWEEN THEM. AFTER TWO CYCLES OF REFINEMENT IT WAS CLEAR THAT THEY WERE BOUND ...詳細: INITIALLY THE NAD AND THIENO-DIAZABORINE WERE REFINED INDEPENDENTLY AND NOT RESTRAINED BY THE COVALENT BOND BETWEEN THEM. AFTER TWO CYCLES OF REFINEMENT IT WAS CLEAR THAT THEY WERE BOUND COVALENTLY AND THIS RESTRAINT WAS ADDED. ASN A 155, ASN A 157, ASN B 155, ASN B 157 ARE THE RESIDUES EITHER SIDE OF THE CATALYTIC TYROSINE AND HAVE DIHEDRAL ANGLES WHICH LIE OUTSIDE THEIR EXPECTED RANGE. THIS IS THOUGHT TO ALLOW THE TYROSINE SIDE-CHAIN TO OCCUPY THE CORRECT POSITION WITH RESPECT TO THE POSITION OF THE NICOTINAMIDE RING.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
all-30825 -
obs-30825 93 %
溶媒の処理Bsol: 182.9 Å2 / ksol: 0.85 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 122 0 3936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01240102
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.60854113
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.08623630
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct2
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.01864
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0165919
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.365260
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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