PDB-1dey: NMR SOLUTION STRUCTURE OF CO(II)-BLEOMYCIN A2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dey

タイトル

NMR SOLUTION STRUCTURE OF CO(II)-BLEOMYCIN A2

要素

(0) x BLEOMYCIN A2
(1) x COBALT (II) ION

キーワード

ANTIBIOTIC

機能・相同性

BLEOMYCIN A2 / :

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

データ登録者

Lehmann, T.E. / Serrano, M.L. / Que Jr., L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Coordination chemistry of co(II)-bleomycin: its investigation through NMR and molecular dynamics.
著者: Lehmann, T.E. / Serrano, M.L. / Que Jr., L.

履歴

登録	1999年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dey.cif.gz	10.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dey.ent.gz	6.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dey_validation.pdf.gz	371.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dey_full_validation.pdf.gz	373.9 KB	表示
XML形式データ	1dey_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	1dey_validation.cif.gz	2.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1dey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/1dey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2soc-d 2m61-d 2h8s-d 1e74-d 6imh-d 1imi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

ヘテロ分子

1.48 kDa, 0 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル

#1: 化合物	ChemComp-BLM / BLEOMYCIN A2 / N1-[3-(DIMETHYLSULFONIO)-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE 分子量: 1416.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₈₅N₁₇O₂₁S₃ / コメント: 薬剤*YM
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D-COSY, 2D-TOCSY, 2D-HMQC, T1 measument
2	2	2	2D-COSY, 2D-TOCSY, 2D-HMQC, T1 measument

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and T1 measuments

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	10mM Co(II)-BLM, 100% D2O, 50mM NaOD to adjust pH to 6.5	100% D2O
2	10mM Co(II)-BLM, 90% H2O, 10% D2O, 50mM NaOH to adjust pH to 6.5	90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	6.5	ambient	298 K
2	6.5	ambient	298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian VXR500	Varian	VXR500	500	1
Varian VXR300	Varian	VXR300	300	2
Bruker AMX360	Bruker	AMX360	360	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DISCOVER_3	97	Biosym/MSI	構造決定
DISCOVER_3	97	Biosym/MSI	精密化

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 31 T1-derived distance constraints

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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