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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1det | ||||||
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タイトル | RIBONUCLEASE T1 CARBOXYMETHYLATED AT GLU 58 IN COMPLEX WITH 2'GMP | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE T1 | ||||||
![]() | HYDROLASE (ENDORIBONUCLEASE) / HYDROLASE / ENDORIBONUCLEASE / NUCLEASE / ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishikawa, K. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of ribonuclease T1 carboxymethylated at Glu58 in complex with 2'-GMP. 著者: Ishikawa, K. / Suzuki, E. / Tanokura, M. / Takahashi, K. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ternary Complex between Ribonuclease T1, Guanosine 3',5'-Bisphosphate and Inorganic Phosphate at 0.19 Nm Resolution 著者: Lenz, A. / Choe, H.W. / Granzin, J. / Heinemann, U. / Saenger, W. #2: ![]() タイトル: X-Ray Analysis of Cubic Crystals of the Complex Formed between Ribonuclease T1 and Guanosine-3',5'-Bisphosphate 著者: Lenz, A. / Heinemann, U. / Maslowska, M. / Saenger, W. #3: ![]() タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2'-Guanylic Acid Complex: An X-Ray Study 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 845.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 847.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11151.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE G-CARBOXYL GROUP OF GLU 58 IS CARBOXYMETHYLATED / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2GP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 52.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 3.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月16日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 10459 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.89 Å / % possible obs: 89.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |