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- PDB-1ddv: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMER EVH1 DOMAIN WITH BOUND MGLUR PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ddv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMER EVH1 DOMAIN WITH BOUND MGLUR PEPTIDE
要素
  • GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER
  • METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR MGLUR5
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / POLYPROLINE RECOGNITION / BETA TURN
機能・相同性
機能・相同性情報


PLC activating G protein-coupled glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / regulation of dendritic spine maintenance / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of store-operated calcium entry ...PLC activating G protein-coupled glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor binding / structural constituent of postsynapse / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / regulation of dendritic spine maintenance / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of store-operated calcium entry / Neurexins and neuroligins / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import / neuron spine / protein localization to synapse / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / costamere / astrocyte projection / positive regulation of calcium ion transport / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / glutamate receptor activity / G alpha (q) signalling events / phosphatidylinositol-mediated signaling / behavioral response to cocaine / protein tyrosine kinase activator activity / postsynaptic cytosol / excitatory synapse / skeletal muscle contraction / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / skeletal muscle fiber development / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / protein tyrosine kinase binding / learning / PDZ domain binding / locomotory behavior / protein tetramerization / response to nicotine / response to cocaine / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / synapse organization / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / Z disc / cognition / response to calcium ion / circadian rhythm / cellular response to amyloid-beta / apical part of cell / scaffold protein binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / learning or memory / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / protein phosphorylation / axon / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homer, EVH1 domain / Homer family / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 ...Homer, EVH1 domain / Homer family / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 5 / Homer protein homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Beneken, J. / Tu, J.C. / Xiao, B. / Worley, P.F. / Leahy, D.J.
引用
ジャーナル: Neuron / 年: 2000
タイトル: Structure of the Homer EVH1 domain-peptide complex reveals a new twist in polyproline recognition.
著者: Beneken, J. / Tu, J.C. / Xiao, B. / Nuriya, M. / Yuan, J.P. / Worley, P.F. / Leahy, D.J.
#1: ジャーナル: Neuron / 年: 1998
タイトル: Homer binds a novel proline-rich motif and links group 1 metabotropic glutamate receptors with IP3 receptors
著者: Tu, J.C. / Xiao, B. / Yuan, J.P. / Lanahan, A.A. / Worley, P.F. / Leoffert, K. / Li, M. / Linden, D.J.
履歴
登録1999年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER
B: METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR MGLUR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3332
ポリマ－13,3332
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
2
A: GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER
B: METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR MGLUR5

A: GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER
B: METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR MGLUR5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6664
ポリマ－26,6664
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.7, 48.6, 35.9
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 GLGF-DOMAIN PROTEIN HOMER


分子量: 12688.221 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMER EVH1 RESIDUES 1-111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z214
#2: タンパク質・ペプチド METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR MGLUR5


分子量: 644.715 Da / 分子数: 1 / 断片: MGLUR DERIVED PEPTIDE TPPSPF / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE NATURALLY OCCURS IN NORWAY RAT (RATTUS NORVEGICUS)
参照: UniProt: P31424
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, SODIUM ACETATE, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
210 mg/mlpeptide1drop
330 %PEG33501reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoir
5100 mMTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 7996 / Num. obs: 7996 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / % possible all: 87
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.278 818 RANDOM
Rwork0.242 --
obs0.242 7732 -
all-8105 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 76 966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0068
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.376
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.241 / Rfactor Rfree: 0.289 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0187
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.924

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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