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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dd8 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-[ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / THIOLASE FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999 タイトル: The X-ray crystal structure of beta-ketoacyl [acyl carrier protein] synthase I. 著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dd8.cif.gz | 303.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dd8.ent.gz | 248.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42684.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: bis-tris propane, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 詳細: Olsen, J.G., (1995) Protein Pept. Lett., 1, 246. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 76863 / Num. obs: 76863 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.24 % / Rmerge(I) obs: 0.071 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→30 Å / 冗長度: 1.44 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Num. unique all: 2025 / % possible all: 51 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 51 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: NCS restraints were used throughout the refinement
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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