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万見
- PDB-1dd4: Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dd4
タイトルCrystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim
要素(50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12) x 2
キーワードRIBOSOME / DIMER FORMATION / FLEXIBILITY / HINGE REGION / FOUR-HELIX-BUNDLE / FIVE-HELIX- BUNDLE / ALPHA-BETA STRUCTURE / HELICAL HAIRPIN / DOMAINS
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like ...Single helix bin / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal domain/Adaptor protein ClpS / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Large ribosomal subunit protein bL12
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wahl, M.C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Flexibility, conformational diversity and two dimerization modes in complexes of ribosomal protein L12.
著者: Wahl, M.C. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年2月8日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5626
ポリマ－35,4734
非ポリマー4,0892
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
2
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
ヘテロ分子

A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,12412
ポリマ－70,9468
非ポリマー8,1784
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_545-x,-y-1/2,z1
Buried area24960 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.744, 144.744, 144.744
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12


分子量: 13475.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 参照: UniProt: P29396
#2: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12


分子量: 4260.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermotoga maritima (バクテリア) / 参照: UniProt: P29396
#3: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 mg/mlprotein1drop
27.1 mMHEPES1drop
30.692 Mammonium sulfate1drop
40.02 Msodium citrate1drop
52.1 %PEG2001drop
63.23 Mammonium sulfate1reservoir
70.1 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.25
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.25 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→16 Å / Num. all: 21795 / Num. obs: 19877 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 65.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
冗長度: 6.5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 850 -RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 16993 92.6 %-
all-18351 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 36 289 2777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2TABR_CNS.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.36
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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