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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dd2 | ||||||
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タイトル | BIOTIN CARBOXYL CARRIER DOMAIN OF TRANSCARBOXYLASE (TC 1.3S) | ||||||
要素 | TRANSCARBOXYLASE 1.3S SUBUNIT | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ANTIPARALLEL BETA SHEET / HAMMERHEAD / BIOCYTIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING HYBRID METHOD | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: High resolution solution structure of the 1.3S subunit of transcarboxylase from Propionibacterium shermanii. 著者: Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Structural Characterization of the entire 1.3S Subunit of Transcarboxylase from Propionibacterium shermanii 著者: Reddy, D.V. / Rothemund, S. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Absence of Observable Biotin-Protein Interactions in the 1.3S Subunit of Transcarboxylase: An NMR Study 著者: Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dd2.cif.gz | 691.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dd2.ent.gz | 582.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dd2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dd2_validation.pdf.gz | 348.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dd2_full_validation.pdf.gz | 544.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dd2_validation.xml.gz | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dd2_validation.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/1dd2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7822.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: subsp. shermanii / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 参照: UniProt: P02904, methylmalonyl-CoA carboxytransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: BIOTIN ATTACHED TO LYS 89 WAS OMITTED FROM COORDINATES. RESIDUES 1-46 APPEARED UNSTRUCTURED, OMITTED FROM CALCULATIONS AND COORDINATES. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 20 K | ||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING HYBRID METHOD ソフトェア番号: 1 / 詳細: DG_SUB_EMBED, DGSA, REFINE WITH DIRECT J-REFINEMENT | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 32 |