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- PDB-1dcz: BIOTIN CARBOXYL CARRIER DOMAIN OF TRANSCARBOXYLASE (TC 1.3S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dcz
タイトルBIOTIN CARBOXYL CARRIER DOMAIN OF TRANSCARBOXYLASE (TC 1.3S)
要素TRANSCARBOXYLASE 1.3S SUBUNIT
キーワードTRANSFERASE / ANTIPARALLEL BETA SHEET / HAMMERHEAD / BIOCYTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonyl-CoA carboxytransferase / methylmalonyl-CoA carboxytransferase activity
類似検索 - 分子機能
Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylmalonyl-CoA carboxyltransferase 1.3S subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING HYBRID METHOD
Model type detailsminimized average
データ登録者Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: High resolution solution structure of the 1.3S subunit of transcarboxylase from Propionibacterium shermanii.
著者: Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Structural Characterization of the Entire 1.3S Subunit of Transcarboxylase from Propionibacterium shermanii
著者: Reddy, D.V. / Rothemund, S. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Absence of Observable Biotin-Protein Interactions in the 1.3S Subunit of Transcarboxylase: An NMR Study
著者: Reddy, D.V. / Shenoy, B.C. / Carey, P.R. / Sonnichsen, F.D.
履歴
登録1999年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCARBOXYLASE 1.3S SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8221
ポリマ－7,8221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 TRANSCARBOXYLASE 1.3S SUBUNIT


分子量: 7822.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: subsp. shermanii / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: P02904, methylmalonyl-CoA carboxytransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1213D 15N-SEPARATED NOESY
131HNHA
1424D 13C-SEPARATED NOESY
1533D 15N-SEPARATED NOESY
NMR実験の詳細Text: BIOTIN ATTACHED TO LYS 89 WAS OMITTED FROM COORDINATES. RESIDUES 1-46 APPEARED UNSTRUCTURED, OMITTED FROM CALCULATIONS AND COORDINATES.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
12 MM PROTEIN, N15/C13 LABELED TC 1.3S 1-123, BIOTIN (UNLABELED) COVALENTLY ATTACHED TO LYS 89
22 MM PROTEIN,N15/C13 LABELED, TC 1.3S 1-123, BIOTIN (UNLABELED) COVALENTLY ATTACHED TO LYS 89
32MM PROTEIN, N15 LABELED, TC 1.3S 1-123, BIOTIN (UNLABELED) COVALENTLY ATTACHED TO LYS 89
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 20 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeSGI6X.M4DELAGLIO解析
PIPP3.7.3GARRETデータ解析
X-PLOR3.81BRUNGER構造決定
X-PLOR3.81BRUNGER精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING HYBRID METHOD
ソフトェア番号: 1 / 詳細: DG_SUB_EMBED, DGSA, REFINE WITH DIRECT J-REFINEMENT
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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