PDB-1dcw: STRUCTURE OF A FOUR-WAY JUNCTION IN AN INVERTED REPEAT SEQUENCE.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1dcw

タイトル

STRUCTURE OF A FOUR-WAY JUNCTION IN AN INVERTED REPEAT SEQUENCE.

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / HOLLIDAY JUNCTION / INVERTED REPEAT / FOUR-WAY JUNCTION / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Eichman, B.F. / Vargason, J.M. / Mooers, B.H.M. / Ho, P.S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The Holliday junction in an inverted repeat DNA sequence: sequence effects on the structure of four-way junctions.
著者: Eichman, B.F. / Vargason, J.M. / Mooers, B.H. / Ho, P.S.

履歴

登録	1999年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1dcw.cif.gz	32.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1dcw.ent.gz	22.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1dcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1dcw_validation.pdf.gz	388.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1dcw_full_validation.pdf.gz	391.3 KB	表示
XML形式データ	1dcw_validation.xml.gz	5.3 KB	表示
CIF形式データ	1dcw_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/1dcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dcvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zez-1 4r48-1 1nt8-1 5dsa-1 3goj-1 3tok-d 3tok-1 4gsg-1 3gnk-d 5dsb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	NDB: BD0028CCGCTAGCGG

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

12.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.500, 23.500, 76.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.80, 90.00
Int Tables number	5
Cell setting	monoclinic
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-38- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPGPGPTPAPCPCPGPG)-3') 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %

結晶化

pH: 7 / 詳細: MPD, CACL2, SODIUM CACODYLATE, pH 7.00

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	CACL2	1	1
2	SODIUM CACODYLATE	1	1
3	MPD	1	1
4	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7 / 手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	化学式	Sol-ID
1	0.25 mM	DNA	1
2	75 mM	sodium cacodylate	1
3	15 mM		1	CaCl2
4	2.5 %		1		1
5	30 %(v/v)	MPD	1		2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30.16 Å / Num. obs: 6322 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.7
反射	PLUS Num. measured all*: 18370
反射シェル	PLUS % possible obs*: 96.7 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
X-PLOR	3.851	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.1→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
詳細: ANISOTROPIC B VALUES WERE APPLIED TO FCALC DURING REFINEMENT IN ORDER TO SCALE FCALC TO FOBS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.317	598	10 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.23	5723	88.9 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.5841 Å²	0 Å²	-1.8465 Å²
2-	-	16.8867 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.3025 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	808	1	91	900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.9
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8 /

	反射数	%反射
R_free	55	-
R_work	450	-
obs	-	68 %

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.23 / R_factor R_work: 0.23

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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