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- PDB-1dcf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEIVER DOMAIN OF THE ETHYLENE RECEPTOR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dcf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RECEIVER DOMAIN OF THE ETHYLENE RECEPTOR OF ARABIDOPSIS THALIANA
要素ETR1 PROTEIN
キーワードTRANSFERASE / BETA-ALPHA FIVE SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect ...ethylene receptor activity / regulation of seedling development / detection of ethylene stimulus / ethylene binding / seed dormancy process / defense response by callose deposition in cell wall / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / sugar mediated signaling pathway / response to gibberellin / response to insect / phloem or xylem histogenesis / cytokinin metabolic process / response to ethylene / regulation of stomatal movement / response to auxin / protein histidine kinase activity / response to abscisic acid / hydrogen peroxide biosynthetic process / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / response to salt stress / response to molecule of bacterial origin / defense response / response to heat / defense response to bacterium / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Ethylene receptor / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / GAF domain / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ethylene receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Muller-Dieckmann, H.J. / Grantz, A. / Kim, S.H.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The structure of the signal receiver domain of the Arabidopsis thaliana ethylene receptor ETR1.
著者: Muller-Dieckmann, H.J. / Grantz, A.A. / Kim, S.H.
履歴
登録1999年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年12月14日Group: Other
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETR1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3051
ポリマ－15,3051
非ポリマー00
水73941
1
A: ETR1 PROTEIN

A: ETR1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6102
ポリマ－30,6102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)47.92, 47.92, 111.79
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ETR1 PROTEIN


分子量: 15304.866 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEIVER DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49333, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4983 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Li2SO4, HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
122 mg/mlprotein1drop
21.6 M1reservoirLi2SO4
30.1 MHEPES1reservoir
40.03 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 14608 / Num. obs: 4410 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / % possible all: 93.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: engh & huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 455 -random
Rwork0.222 ---
all0.227 4928 --
obs0.227 4324 87.7 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.815 Å20 Å20 Å2
2---5.815 Å20 Å2
3---11.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 0 41 1061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.433
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 59 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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