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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1daq | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE TYPE I DOCKERIN DOMAIN FROM THE CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM CELLULOSOME (MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE) | ||||||
![]() | ENDOGLUCANASE SS | ||||||
![]() | HYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / CELLULOSOME / CALCIUM-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity (reducing end) / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
![]() | Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Heckman, M.P. / Wu, J.H.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of a type I dockerin domain, a novel prokaryotic, extracellular calcium-binding domain. 著者: Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Heckman, M.P. / Wu, J.H. #1: ![]() タイトル: Secondary Structure and Calcium-induced Folding of the Clostridium thermocellum Dockerin Domain Determined by NMR Spectroscopy 著者: Lytle, B.L. / Volkman, B.F. / Westler, W.M. / Wu, J.H.D. #2: ![]() タイトル: Involvement of Both Dockerin Subdomains in Assembly of the Clostridium thermocellum Cellulosome 著者: Lytle, B. / Wu, J.H.D. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR-DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 291.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 291.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7858.770 Da / 分子数: 1 / 断片: TYPE I DOCKERIN DOMAIN (RESIDUES 673-741) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PCYB2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED BY STANDARD TECHNIQUES USING UNLABELED AND 15N- LABELED DOCKERIN. |
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試料調製
詳細 | 内容: 100MM POTASSIUM CHLORIDE; 20MM CALCIUM CHLORIDE; 90% H2O, 10% D2O | |||||||||||||||
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE IS BASED ON 728 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 79 DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS, AND 12 CALCIUM ION RESTRAINTS. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |