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- PDB-1d9z: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB IN COMPLEX WITH ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d9z
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB IN COMPLEX WITH ATP
要素EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB
キーワードGENE REGULATION / ATP-bound protein / EXCINUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


excinuclease ABC activity / excinuclease repair complex / SOS response / nucleotide-excision repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain ...Helix Hairpins - #240 / UvrB, YAD/RRR-motif-containing domain / Ultra-violet resistance protein B / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / UvrABC system, subunit B / UVR domain superfamily / UvrB/uvrC motif / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / UVR domain / UVR domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / UvrABC system protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus caldotenax (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Theis, K. / Chen, P.J. / Skorvaga, M. / Van Houten, B. / Kisker, C.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of UvrB, a DNA helicase adapted for nucleotide excision repair.
著者: Theis, K. / Chen, P.J. / Skorvaga, M. / Van Houten, B. / Kisker, C.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Strand opening by the UvrA2B complex allows dynamic recognition of DNA damage
著者: Zou, Y. / Van Houten, B.
履歴
登録1999年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0925
ポリマ－75,4301
非ポリマー6624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.443, 153.443, 80.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB


分子量: 75429.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus caldotenax (バクテリア)
プラスミド: PTYB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56981
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.6466.18
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法98 mg/ml UvrB, 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
2952soaking95 mM ATP 5 mM MgCl2 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, Soaking, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
18 mg/mlprotein1drop
2500 mM1dropNaCl
320 mMTris-HCl1drop
41 mMdithiothreitol1drop
50.1 mMEDTA1drop
60.03 %dodecylmaltoside1drop
714-18 %PEG60001dropor PEG20000
810 mM1dropZnCl2
9100 mMBicine1drop
1020 %PEG60001reservoir
11500 mM1reservoirNaCl
12100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. all: 19075 / Num. obs: 19075 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -1000 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique all: 2669 / % possible all: 100
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.15→20 Å / σ(F): -1000 / σ(I): -1000 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelyhood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.335 954 -random
Rwork0.262 ---
all-19075 --
obs-19075 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4632 0 34 0 4666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d0.031
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'REFMAC AND XPLOR' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.262
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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