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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d9w | ||||||
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タイトル | BACTERIOPHAGE T4 LYSOZYME MUTANT | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / T4 LYSOZYME / HELIX CAPPING / HELIX DIPOLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Korndoerfer, I.P. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Helix Capping in Bacteriophage T4 Lysozyme 著者: Korndoerfer, I.P. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18648.375 Da / 分子数: 1 / 変異: K124D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: GENE E / プラスミド: PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-BME / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.1-M phosphate, 10 mM BME, 20 mM oxBME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→18 Å / Num. obs: 15172 / % possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / % possible all: 54.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.91→18 Å / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→18 Å
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拘束条件 |
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