ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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X-PLOR | | モデル構築 | X-PLOR | 3.843 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | X-PLOR | | 位相決定 |
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精密化 | 解像度: 2.6→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh&Huber 詳細: WHILE ALL OBSERVED DATA OUT TO 2.6 ANGSTROM HAS BEEN USED IN REFINEMENT, THE NOMINAL RESOLUTION OF THE STRUCTURE IS 2.8 ANGSTROM
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.287 | 1025 | 10.3 % | RANDOM |
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Rwork | 0.226 | - | - | - |
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all | 0.232 | 108652 | - | - |
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obs | 0.226 | 9906 | - | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.44 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.55 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.12 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.41 Å | 0.29 Å |
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Luzzati sigma a | 0.3 Å | 0.04 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2448 | 0 | 190 | 31 | 2669 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.466 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg6.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d21.7 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d0.96 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it4.31 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it6.4 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it6.78 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it9.43 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.32 | 67 | 12.3 % |
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Rwork | 0.267 | 476 | - |
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obs | - | - | 24.3 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR(ONLINE) / バージョン: 3.843 / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.278 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.3 Å2 |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | x_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | x_angle_deg1.2 | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_dihedral_angle_deg21.7 | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | x_improper_angle_deg0.96 | | X-RAY DIFFRACTION | x_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | x_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | x_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 12.3 % / Rfactor Rwork: 0.267 |
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