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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d8w | ||||||
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タイトル | L-RHAMNOSE ISOMERASE | ||||||
要素 | L-RHAMNOSE ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / BETA-ALPHA-8-BARRELS / ALDOSE-KETOSE ISOMERIZATION / HYDRIDE SHIFT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-lyxose metabolic process / L-rhamnose isomerase / L-rhamnose isomerase activity / rhamnose binding / rhamnose catabolic process / manganese ion binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Korndorfer, I.P. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The structure of rhamnose isomerase from Escherichia coli and its relation with xylose isomerase illustrates a change between inter and intra-subunit complementation during evolution. 著者: Korndorfer, I.P. / Fessner, W.D. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1d8w.cif.gz | 365.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1d8w.ent.gz | 296.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1d8w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1d8w_validation.pdf.gz | 473.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1d8w_full_validation.pdf.gz | 552.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1d8w_validation.xml.gz | 85.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1d8w_validation.cif.gz | 124.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d8w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48592.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28(B)+ FROM NEW ENGLAND BIOLABS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32170, L-rhamnose isomerase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.2 M CITRATE, 22.5-30% PEG 8000, 10% ISOPROPANOLE, 0.1 M HEPES, PH = 6.4 - 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 190 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 491294 / Num. obs: 426996 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.68 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / % possible all: 84.4 |
反射 | *PLUS Num. obs: 252886 / % possible obs: 96 % / Num. measured all: 426996 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→30 Å / 立体化学のターゲット値: TRONRUD TNT / 詳細: CONJUGATE DIRECTIONS MINIMIZATION, NO NCS
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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