PDB-1d87: CONFORMATIONAL INFLUENCE OF THE RIBOSE 2'-HYDROXYL GROUP: CRYSTAL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1d87

タイトル

CONFORMATIONAL INFLUENCE OF THE RIBOSE 2'-HYDROXYL GROUP: CRYSTAL STRUCTURES OF DNA-RNA CHIMERIC DUPLEXES

要素

DNA/RNA (5'-R(*GP*)-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')

キーワード

DNA-RNA HYBRID / A-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / DNA-RNA HYBRID COMPLEX

機能・相同性

DNA/RNA hybrid

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Egli, M. / Usman, N. / Rich, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Conformational influence of the ribose 2'-hydroxyl group: crystal structures of DNA-RNA chimeric duplexes.
著者: Egli, M. / Usman, N. / Rich, A.

履歴

登録	1992年8月28日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1993年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1d87.cif.gz	25.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1d87.ent.gz	14.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1d87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/1d87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1d88C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zf1-d 1y8v-d 1i5w-d 3oz4-d 1pwf-d 1xux-2 2b1b-d 3q61-d 2b1c-d 1y86-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-R(*GP*)-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')

B: DNA/RNA (5'-R(*GP*)-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*GP*C)-3')

6.12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.500, 44.230, 44.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-R(GP)-D(CPGPTPAPTPAPCPGPC)-3') 分子量: 3061.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	NA CACODYLATE	1	1
3	MGCL2	1	1
4	SPERMINE	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 6 / 詳細: Egli, M., (1992) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 89, 534.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1.5 mM	oligonucleotide	1	drop	single strand concentration
2	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	7.5 mM	magnesium chloride	1	drop
4	7.5 mM	spermine tetrachloride	1	drop
5	40 %(v/v)	MPD	1	reservoir
6			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: 回転陽極
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 1592 / Observed criterion σ(F): 2
反射	PLUS 最高解像度: 2.25 Å / Observed criterion σ(F)*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROLSQ	(MODIFIED BY G.J.QUIGLEY)	精密化
修飾	BY G.J.QUIGLEY	精密化

精密化

最高解像度: 2.25 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.178	1592

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	406	0	110	516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.01
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.14
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

精密化

*PLUS

R_factor obs: 0.178 / 最高解像度: 2.25 Å / Num. reflection obs: 1592 / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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