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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d86 | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL CONSEQUENCES OF A CARCINOGENIC ALKYLATION LESION ON DNA: EFFECT OF O6-ETHYL-GUANINE ON THE MOLECULAR STRUCTURE OF D(CGC[E6G]AATTCGCG)-NETROPSIN COMPLEX | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Sriram, M. / Van Der Marel, G.A. / Roelen, H.L.P.F. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.-J. | ![]() ![]() タイトル: Structural consequences of a carcinogenic alkylation lesion on DNA: effect of O6-ethylguanine on the molecular structure of the d(CGC[e6G]AATTCGCG)-netropsin complex. 著者: Sriram, M. / van der Marel, G.A. / Roelen, H.L. / van Boom, J.H. / Wang, A.H. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 26.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5R / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.2 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 2056 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.164 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.02 |