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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d7w | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MYELOPEROXIDASE ISOFORM C COMPLEXED WITH CYANIDE AND BROMIDE AT PH 4.0 | |||||||||
![]() | (MYELOPEROXIDASE) x 2 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / HEME-PROTEIN / PEROXIDASE / PEROXIDASE-CYANIDE-BROMIDE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / chromatin binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Fiedler, T.J. / Fenna, R.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human myeloperoxidase: structure of a cyanide complex and its interaction with bromide and thiocyanate substrates at 1.9 A resolution. 著者: Blair-Johnson, M. / Fiedler, T. / Fenna, R. #1: ![]() タイトル: Structure of the Green Heme in Myeloperoxidase 著者: Fenna, R. / Zeng, J. / Davey, C. #2: ![]() タイトル: 2.3 Angstrom Resolution X-Ray Crystal Structure of the Bisubstrate Analogue Inhibitor Salicylhydroxamic Acid Bound to Human Myeloperoxidase: A Model for a Prereaction Complex with Hydrogen Peroxide 著者: Davey, C.A. / Fenna, R.E. #3: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure of Canine Myeloperoxidase at 3 Angstrom Resolution 著者: Zeng, J. / Fenna, R.E. #4: ![]() タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Human Myeloperoxidase: Further Identification of Residues Involved in Catalytic Activity and Heme Interaction 著者: Jacquet, A. / Garcia-Quintana, L. / Deleersnyder, V. / Fenna, R. / Bollen, A. / Moguilevsky, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.6064, 0.68136, -0.4099), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 11903.343 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 53234.191 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 7種, 837分子 ![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ACT / #8: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: polyethylene glycol 8000, ammonium sulfate, sodium acetate, calcium acetate, sodium cyanide, sodium bromide, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 詳細: Davey, C.A., (1996) Biochemistry, 35, 10967. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 84 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月21日 / 詳細: LONG FOCUSING MIRRORS, ADSC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 92679 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 15.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 7.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 7.89 / % possible all: 89.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 343921 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.271 / Rfactor obs: 0.271 |