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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d6x | ||||||
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タイトル | THE STRUCTURE OF THE ANTIMICROBIAL PEPTIDE TRITRPTICIN BOUND TO MICELLES-A DISTINCT MEMBRANE-BOUND PEPTIDE FOLD | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PEPTIDE, TRITRPTICIN | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / TYPE IV TURN-TYPE III TURN | ||||||
手法 | 溶液NMR / RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
![]() | Schibli, D.J. / Hwang, P.M. / Vogel, H.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the antimicrobial peptide tritrpticin bound to micelles: a distinct membrane-bound peptide fold. 著者: Schibli, D.J. / Hwang, P.M. / Vogel, H.J. #1: ![]() タイトル: Antimicrobial Activity of a 13 Amino Acid Tryptophan-Rich Peptide Derived From a Putative Porcine Precursor Protein of a Novel Family of Antibacterial Peptides 著者: Lawyer, C. / Pai, S. / Watabe, M. / Borgia, P. / Mashimo, T. / Eagleton, L. / Watabe, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 335.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1906.286 Da / 分子数: 1 / 断片: SYNTHETIC CATHELICIDIN FRAGMENT / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE, SEQUENCE FROM A FRAGMENT OF A PORCINE NEUTROPHIL CATHELICIDIN |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 400 mM SDS / pH: 4.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 313 K | ||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 163 INTERPROTON RESTRAINTS. OF THESE 47 WERE INTRARESIDUE, 50 SEQUENTIAL, AND 66 SHORT-RANGE | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 97 / 登録したコンフォーマーの数: 19 |